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タイトルCryo-EM structures reveal the molecular basis of receptor-initiated coxsackievirus uncoating.
ジャーナル・号・ページCell Host Microbe, Vol. 29, Issue 3, Page 448-462.e5, Year 2021
掲載日2021年3月10日
著者Longfa Xu / Qingbing Zheng / Rui Zhu / Zhichao Yin / Hai Yu / Yu Lin / Yuanyuan Wu / Maozhou He / Yang Huang / Yichao Jiang / Hui Sun / Zhenghui Zha / Hongwei Yang / Qiongzi Huang / Dongqing Zhang / Zhenqin Chen / Xiangzhong Ye / Jinle Han / Lisheng Yang / Che Liu / Yuqiong Que / Mujin Fang / Ying Gu / Jun Zhang / Wenxin Luo / Z Hong Zhou / Shaowei Li / Tong Cheng / Ningshao Xia /
PubMed 要旨Enterovirus uncoating receptors bind at the surface depression ("canyon") that encircles each capsid vertex causing the release of a host-derived lipid called "pocket factor" that is buried in a ...Enterovirus uncoating receptors bind at the surface depression ("canyon") that encircles each capsid vertex causing the release of a host-derived lipid called "pocket factor" that is buried in a hydrophobic pocket formed by the major viral capsid protein, VP1. Coxsackievirus and adenovirus receptor (CAR) is a universal uncoating receptor of group B coxsackieviruses (CVB). Here, we present five high-resolution cryoEM structures of CVB representing different stages of virus infection. Structural comparisons show that the CAR penetrates deeper into the canyon than other uncoating receptors, leading to a cascade of events: collapse of the VP1 hydrophobic pocket, high-efficiency release of the pocket factor and viral uncoating and genome release under neutral pH, as compared with low pH. Furthermore, we identified a potent therapeutic antibody that can neutralize viral infection by interfering with virion-CAR interactions, destabilizing the capsid and inducing virion disruption. Together, these results define the structural basis of CVB cell entry and antibody neutralization.
リンクCell Host Microbe / PubMed:33539764 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.2 - 3.8 Å
構造データ

30805

7dpf

EMDB-30805, PDB-7dpf:
Cryo-EM structure of Coxsackievirus B1 mature virion
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

30806

7dpg

EMDB-30806, PDB-7dpg:
Cryo-EM structure of Coxsackievirus B1 empty particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

30812

7dpz

EMDB-30812, PDB-7dpz:
Cryo-EM structure of Coxsackievirus B1 virion in complex with CAR
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

30813

7dq1

EMDB-30813, PDB-7dq1:
Cryo-EM structure of Coxsackievirus B1 virion in complex with CAR at physiological temperature
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

30814

7dq4

EMDB-30814, PDB-7dq4:
Cryo-EM structure of CAR triggered Coxsackievirus B1 A-particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

30815

7dq7

EMDB-30815, PDB-7dq7:
Cryo-EM structure of Coxsackievirus B1 mature virion in complex with nAb 5F5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

化合物

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

由来
  • coxsackievirus b1 (コクサッキーウイルス)
  • Human (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRUS / Coxsackievirus B1 / mature virion / Cryo-EM / empty particle / CAR / A-particle / VIRUS/IMMUNE SYSTEM / neutralizing antibody / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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