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タイトルPrecisely patterned nanofibres made from extendable protein multiplexes.
ジャーナル・号・ページNat Chem, Vol. 15, Issue 12, Page 1664-1671, Year 2023
掲載日2023年9月4日
著者Neville P Bethel / Andrew J Borst / Fabio Parmeggiani / Matthew J Bick / T J Brunette / Hannah Nguyen / Alex Kang / Asim K Bera / Lauren Carter / Marcos C Miranda / Ryan D Kibler / Mila Lamb / Xinting Li / Banumathi Sankaran / David Baker /
PubMed 要旨Molecular systems with coincident cyclic and superhelical symmetry axes have considerable advantages for materials design as they can be readily lengthened or shortened by changing the length of the ...Molecular systems with coincident cyclic and superhelical symmetry axes have considerable advantages for materials design as they can be readily lengthened or shortened by changing the length of the constituent monomers. Among proteins, alpha-helical coiled coils have such symmetric, extendable architectures, but are limited by the relatively fixed geometry and flexibility of the helical protomers. Here we describe a systematic approach to generating modular and rigid repeat protein oligomers with coincident C to C and superhelical symmetry axes that can be readily extended by repeat propagation. From these building blocks, we demonstrate that a wide range of unbounded fibres can be systematically designed by introducing hydrophilic surface patches that force staggering of the monomers; the geometry of such fibres can be precisely tuned by varying the number of repeat units in the monomer and the placement of the hydrophilic patches.
リンクNat Chem / PubMed:37667012 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / EM (らせん対称) / X線回折
解像度1.59 - 7.62 Å
構造データ

EMDB-29680: C6HR1_8r: Extendable repeat protein heptamer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.18 Å

EMDB-29847: C3HR3_8r: Extendable repeat protein trimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.58 Å

EMDB-29849, PDB-8gaa:
C6HR1_4r: Extendable repeat protein hexamer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.24 Å

EMDB-29851: C4HR1_8r_shift5: Extendable repeat protein fiber
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 7.62 Å

EMDB-29856, PDB-8g8i:
C3HR3_9r_shift4: Extendable repeat protein fiber
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.92 Å

EMDB-29894, PDB-8ga9:
C4HR1_4r: Extendable repeat protein tetramer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.71 Å

EMDB-29904, PDB-8gaq:
C5HR2_4r: Extendable repeat protein pentamer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.73 Å

PDB-8eov:
Precisely patterned nanofibers made from extendable protein multiplexes
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.59 Å

PDB-8eox:
Precisely patterned nanofibers made from extendable protein multiplexes
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.3 Å

PDB-8eoz:
Precisely patterned nanofibers made from extendable protein multiplexes
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3 Å

PDB-8erw:
Precisely patterned nanofibers made from extendable protein multiplexes
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.88 Å

化合物

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • unidentified (未定義)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードDE NOVO PROTEIN / de novo design / nanofibers / Oligomer / repeat protein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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