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タイトルStructural insights into HIV-1 polyanion-dependent capsid lattice formation revealed by single particle cryo-EM.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 120, Issue 18, Page e2220545120, Year 2023
掲載日2023年5月2日
著者Carolyn M Highland / Aaron Tan / Clifton L Ricaña / John A G Briggs / Robert A Dick /
PubMed 要旨The HIV-1 capsid houses the viral genome and interacts extensively with host cell proteins throughout the viral life cycle. It is composed of capsid protein (CA), which assembles into a conical ...The HIV-1 capsid houses the viral genome and interacts extensively with host cell proteins throughout the viral life cycle. It is composed of capsid protein (CA), which assembles into a conical fullerene lattice composed of roughly 200 CA hexamers and 12 CA pentamers. Previous structural analyses of individual CA hexamers and pentamers have provided valuable insight into capsid structure and function, but detailed structural information about these assemblies in the broader context of the capsid lattice is lacking. In this study, we combined cryoelectron tomography and single particle analysis (SPA) cryoelectron microscopy to determine structures of continuous regions of the capsid lattice containing both hexamers and pentamers. We also developed a method of liposome scaffold-based in vitro lattice assembly ("lattice templating") that enabled us to directly study the lattice under a wider range of conditions than has previously been possible. Using this approach, we identified a critical role for inositol hexakisphosphate in pentamer formation and determined the structure of the CA lattice bound to the capsid-targeting antiretroviral drug GS-6207 (lenacapavir). Our work reveals key structural details of the mature HIV-1 CA lattice and establishes the combination of lattice templating and SPA as a robust strategy for studying retroviral capsid structure and capsid interactions with host proteins and antiviral compounds.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:37094124 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均) / EM (単粒子)
解像度3.1 - 7.1 Å
構造データ

EMDB-16698: Subtomogram average of HIV-1 CA pentamer from capsid-like particles assembled with inositol hexakisphosphate
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.2 Å

EMDB-16699: Subtomogram average of HIV-1 CA hexamer from capsid-like particles assembled with inositol hexakisphosphate
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 3.9 Å

29772

8g6k

EMDB-29772, PDB-8g6k:
HIV-1 CA lattice bound to IP6; from capsid-like particles
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

29773

8g6l

EMDB-29773, PDB-8g6l:
HIV-1 capsid lattice bound to IP6, pH 6.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

29774

8g6m

EMDB-29774, PDB-8g6m:
HIV-1 CA lattice bound to IP6, pH 7.4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

29775

8g6n

EMDB-29775, PDB-8g6n:
HIV-1 capsid lattice bound to dNTPs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

29776

8g6o

EMDB-29776, PDB-8g6o:
HIV-1 capsid lattice bound to IP6 and Lenacapavir
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-29777: Defective HIV-1 CA pentamer in surrounding hexameric lattice
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.1 Å

由来
  • Escherichia coli (大腸菌)
  • human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / HIV-1 / capsid / lattice / virus

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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