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タイトルFusion protein strategies for cryo-EM study of G protein-coupled receptors.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 4366, Year 2022
掲載日2022年7月28日
著者Kaihua Zhang / Hao Wu / Nicholas Hoppe / Aashish Manglik / Yifan Cheng /
PubMed 要旨Single particle cryogenic-electron microscopy (cryo-EM) is used extensively to determine structures of activated G protein-coupled receptors (GPCRs) in complex with G proteins or arrestins. However, ...Single particle cryogenic-electron microscopy (cryo-EM) is used extensively to determine structures of activated G protein-coupled receptors (GPCRs) in complex with G proteins or arrestins. However, applying it to GPCRs without signaling proteins remains challenging because most receptors lack structural features in their soluble domains to facilitate image alignment. In GPCR crystallography, inserting a fusion protein between transmembrane helices 5 and 6 is a highly successful strategy for crystallization. Although a similar strategy has the potential to broadly facilitate cryo-EM structure determination of GPCRs alone without signaling protein, the critical determinants that make this approach successful are not yet clear. Here, we address this shortcoming by exploring different fusion protein designs, which lead to structures of antagonist bound A adenosine receptor at 3.4 Å resolution and unliganded Smoothened at 3.7 Å resolution. The fusion strategies explored here are likely applicable to cryo-EM interrogation of other GPCRs and small integral membrane proteins.
リンクNat Commun / PubMed:35902590 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.4 - 6.7 Å
構造データ

25648

7t32

EMDB-25648, PDB-7t32:
CryoEM structure of the adenosine 2A receptor-BRIL/Anti BRIL Fab complex with ZM241385
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

27062

8cxo

EMDB-27062, PDB-8cxo:
Cryo-EM structure of the unliganded mSMO-PGS2 in a lipidic environment
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-27063: Cryo-EM structure of the unliganded mSMO-PGS1 in a lipidic environment
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.7 Å

化合物

ChemComp-ZMA:
4-{2-[(7-amino-2-furan-2-yl[1,2,4]triazolo[1,5-a][1,3,5]triazin-5-yl)amino]ethyl}phenol / ZM-241385 / アンタゴニスト*YM

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • pyrococcus abyssi (strain ge5 / orsay) (古細菌)
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / A2AAR / GPCR / ADENOSINE RECEPTOR / G-protein coupled receptor / Smoothened / unliganded state / lipid system

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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