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タイトルSolenoid architecture of HUWE1 contributes to ligase activity and substrate recognition.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 81, Issue 17, Page 3468-33480.e7, Year 2021
掲載日2021年9月2日
著者Moritz Hunkeler / Cyrus Y Jin / Michelle W Ma / Julie K Monda / Daan Overwijn / Eric J Bennett / Eric S Fischer /
PubMed 要旨HECT ubiquitin ligases play essential roles in metazoan development and physiology. The HECT ligase HUWE1 is central to the cellular stress response by mediating degradation of key death or survival ...HECT ubiquitin ligases play essential roles in metazoan development and physiology. The HECT ligase HUWE1 is central to the cellular stress response by mediating degradation of key death or survival factors, including Mcl1, p53, DDIT4, and Myc. Although mutations in HUWE1 and related HECT ligases are widely implicated in human disease, our molecular understanding remains limited. Here we present a comprehensive investigation of full-length HUWE1, deepening our understanding of this class of enzymes. The N-terminal ∼3,900 amino acids of HUWE1 are indispensable for proper ligase function, and our cryo-EM structures of HUWE1 offer a complete molecular picture of this large HECT ubiquitin ligase. HUWE1 forms an alpha solenoid-shaped assembly with a central pore decorated with protein interaction modules. Structures of HUWE1 variants linked to neurodevelopmental disorders as well as of HUWE1 bound to a model substrate link the functions of this essential enzyme to its three-dimensional organization.
リンクMol Cell / PubMed:34314700 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 4.5 Å
構造データ

22427

7jq9

EMDB-22427, PDB-7jq9:
Cryo-EM structure of human HUWE1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

22428

7mwd

EMDB-22428: Cryo-EM structure of human HUWE1 (focused on HECT)
PDB-7mwd: HUWE1 in map with focus on HECT
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

22429

7mwe

EMDB-22429: Cryo-EM structure of human HUWE1 (focused on WWE)
PDB-7mwe: HUWE1 in map with focus on WWE
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

22430

7mwf

EMDB-22430: Cryo-EM structure of human HUWE1 (focused on interface)
PDB-7mwf: HUWE1 in map with focus on interface
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-22431:
Cryo-EM structure of human HUWE1 (non-crosslinked)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

23925

7mop

EMDB-23925, PDB-7mop:
Cryo-EM structure of human HUWE1 in complex with DDIT4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-23931:
Cryo-EM structure of human HUWE1 (d169-189 variant)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Ubiquitin (ユビキチン) / Quality Control (品質管理) / E3 ligase (ユビキチンリガーゼ) / protein degradation (タンパク質分解) / TRANSFERASE/Apoptosis / TRANSFERASE-Apoptosis complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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