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Structure paper

タイトルStructural analysis of cross α-helical nanotubes provides insight into the designability of filamentous peptide nanomaterials.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 12, Issue 1, Page 407, Year 2021
掲載日2021年1月18日
著者Fengbin Wang / Ordy Gnewou / Charles Modlin / Leticia C Beltran / Chunfu Xu / Zhangli Su / Puneet Juneja / Gevorg Grigoryan / Edward H Egelman / Vincent P Conticello /
PubMed 要旨The exquisite structure-function correlations observed in filamentous protein assemblies provide a paradigm for the design of synthetic peptide-based nanomaterials. However, the plasticity of ...The exquisite structure-function correlations observed in filamentous protein assemblies provide a paradigm for the design of synthetic peptide-based nanomaterials. However, the plasticity of quaternary structure in sequence-space and the lability of helical symmetry present significant challenges to the de novo design and structural analysis of such filaments. Here, we describe a rational approach to design self-assembling peptide nanotubes based on controlling lateral interactions between protofilaments having an unusual cross-α supramolecular architecture. Near-atomic resolution cryo-EM structural analysis of seven designed nanotubes provides insight into the designability of interfaces within these synthetic peptide assemblies and identifies a non-native structural interaction based on a pair of arginine residues. This arginine clasp motif can robustly mediate cohesive interactions between protofilaments within the cross-α nanotubes. The structure of the resultant assemblies can be controlled through the sequence and length of the peptide subunits, which generates synthetic peptide filaments of similar dimensions to flagella and pili.
リンクNat Commun / PubMed:33462223 / PubMed Central
手法EM (らせん対称)
解像度3.8 - 4.4 Å
構造データ

21812

6wkx

EMDB-21812, PDB-6wkx:
Cryo-EM of Form 1 related peptide filament, 15-10-3
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.2 Å

21813

6wky

EMDB-21813, PDB-6wky:
Cryo-EM of Form 1 related peptide filament, 29-24-3
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.2 Å

21814

6wl0

EMDB-21814, PDB-6wl0:
Cryo-EM of Form 1 related peptide filament, 36-31-3-RD
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.4 Å

21815

6wl1

EMDB-21815, PDB-6wl1:
Cryo-EM of Form 1 related peptide filament, 36-31-3
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.0 Å

21816

6wl7

EMDB-21816, PDB-6wl7:
Cryo-EM of Form 2 like peptide filament, 29-20-2
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.8 Å

21817

6wl8

EMDB-21817, PDB-6wl8:
Cryo-EM of Form 2 peptide filament
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.1 Å

21818

6wl9

EMDB-21818, PDB-6wl9:
Cryo-EM of Form 2 like peptide filament, Form2a
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.2 Å

由来
  • synthetic construct (人工物)
キーワードPROTEIN FIBRIL / filament / self-assembly peptide filament / Cryo-EM

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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