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タイトルLetB Structure Reveals a Tunnel for Lipid Transport across the Bacterial Envelope.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 181, Issue 3, Page 653-664.e19, Year 2020
掲載日2020年4月30日
著者Georgia L Isom / Nicolas Coudray / Mark R MacRae / Collin T McManus / Damian C Ekiert / Gira Bhabha /
PubMed 要旨Gram-negative bacteria are surrounded by an outer membrane composed of phospholipids and lipopolysaccharide, which acts as a barrier and contributes to antibiotic resistance. The systems that mediate ...Gram-negative bacteria are surrounded by an outer membrane composed of phospholipids and lipopolysaccharide, which acts as a barrier and contributes to antibiotic resistance. The systems that mediate phospholipid trafficking across the periplasm, such as MCE (Mammalian Cell Entry) transporters, have not been well characterized. Our ~3.5 Å cryo-EM structure of the E. coli MCE protein LetB reveals an ~0.6 megadalton complex that consists of seven stacked rings, with a central hydrophobic tunnel sufficiently long to span the periplasm. Lipids bind inside the tunnel, suggesting that it functions as a pathway for lipid transport. Cryo-EM structures in the open and closed states reveal a dynamic tunnel lining, with implications for gating or substrate translocation. Our results support a model in which LetB establishes a physical link between the two membranes and creates a hydrophobic pathway for the translocation of lipids across the periplasm.
リンクCell / PubMed:32359438 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.15 - 3.78 Å
構造データ

EMDB-20993: Lipophilic Envelope-spanning Tunnel B (LetB), Map 1
PDB-6v0c: Lipophilic Envelope-spanning Tunnel B (LetB), Model 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.46 Å

EMDB-20994: Lipophilic Envelope-spanning Tunnel B (LetB), Map 2
PDB-6v0d: Lipophilic Envelope-spanning Tunnel B (LetB), Model 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.49 Å

EMDB-20995: Lipophilic Envelope-spanning Tunnel B (LetB), Map 3
PDB-6v0e: Lipophilic Envelope-spanning Tunnel B (LetB), Model 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.06 Å

EMDB-20996: Lipophilic Envelope-spanning Tunnel B (LetB), Map 4
PDB-6v0f: Lipophilic Envelope-spanning Tunnel B (LetB), Model 4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.96 Å

EMDB-20997: Lipophilic Envelope-spanning Tunnel B (LetB), Map 5
PDB-6v0g: Lipophilic Envelope-spanning Tunnel B (LetB), Model 5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.03 Å

EMDB-20998: Lipophilic Envelope-spanning Tunnel B (LetB), Map 6
PDB-6v0h: Lipophilic Envelope-spanning Tunnel B (LetB), Model 6
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-20999: Lipophilic Envelope-spanning Tunnel B (LetB), Map 7
PDB-6v0i: Lipophilic Envelope-spanning Tunnel B (LetB), Model 7
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.43 Å

EMDB-21000: Lipophilic Envelope-spanning Tunnel B (LetB), Map 8
PDB-6v0j: Lipophilic Envelope-spanning Tunnel B (LetB), Model 8
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.78 Å

PDB-6vci:
Lipophilic envelope-spanning tunnel protein (LetB), domains MCE2-MCE3
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.15 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • Escherichia coli K-12 (大腸菌)
  • escherichia coli (strain k12) (大腸菌)
キーワードLIPID TRANSPORT / bacterial cell envelope / MCE / YebT / conformational dynamics / LetB

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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