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タイトルCryo-EM structures reveal two distinct conformational states in a picornavirus cell entry intermediate.
ジャーナル・号・ページPLoS Pathog, Vol. 16, Issue 9, Page e1008920, Year 2020
掲載日2020年9月30日
著者Pranav N M Shah / David J Filman / Krishanthi S Karunatilaka / Emma L Hesketh / Elisabetta Groppelli / Mike Strauss / James M Hogle /
PubMed 要旨The virions of enteroviruses such as poliovirus undergo a global conformational change after binding to the cellular receptor, characterized by a 4% expansion, and by the opening of holes at the two ...The virions of enteroviruses such as poliovirus undergo a global conformational change after binding to the cellular receptor, characterized by a 4% expansion, and by the opening of holes at the two and quasi-three-fold symmetry axes of the capsid. The resultant particle is called a 135S particle or A-particle and is thought to be on the pathway to a productive infection. Previously published studies have concluded that the membrane-interactive peptides, namely VP4 and the N-terminus of VP1, are irreversibly externalized in the 135S particle. However, using established protocols to produce the 135S particle, and single particle cryo-electron microscopy methods, we have identified at least two unique states that we call the early and late 135S particle. Surprisingly, only in the "late" 135S particles have detectable levels of the VP1 N-terminus been trapped outside the capsid. Moreover, we observe a distinct density inside the capsid that can be accounted for by VP4 that remains associated with the genome. Taken together our results conclusively demonstrate that the 135S particle is not a unique conformation, but rather a family of conformations that could exist simultaneously.
リンクPLoS Pathog / PubMed:32997730 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.6 Å
構造データ

20275

6p9o

EMDB-20275, PDB-6p9o:
Poliovirus 135S-like expanded particle in complex with a monoclonal antibody directed against the N-terminal extension of capsid protein VP1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

20276

6p9w

EMDB-20276, PDB-6p9w:
Poliovirus (Type 1 Mahoney), receptor catalysed 135S particle map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

20469

6psz

EMDB-20469, PDB-6psz:
Poliovirus (Type 1 Mahoney), heat-catalysed 135S particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-20474:
Poliovirus Type-1 Mahoney receptor catalysed 135S particle incubated with anti-VP1 mAb for 1 hour at 37 degrees C
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

20546

6q0b

EMDB-20546, PDB-6q0b:
Poliovirus (Type 1 Mahoney), receptor-catalysed 135S particle incubated with anti-VP1 mAb at RT for 1 hr
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

由来
  • poliovirus type 1 (strain mahoney) (ポリオウイルス)
  • mouse (ネズミ)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードVIRUS / Virus-antibody complex / poliovirus / cell-entry intermediate / expanded virus / a-particle / VIRUS/IMMUNE SYSTEM / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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