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タイトルA scaffold for quinone channeling between membrane and soluble bacterial oxidoreductases.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 32, Issue 11, Page 2196-2202, Year 2025
掲載日2025年8月25日
著者M Broc / M V Cherrier / A Uzel / R Arias-Cartin / P Arnoux / G Brasseur / F Seduk / B Guigliarelli / P Legrand / F Pierrel / G Schoehn / M J Maté / L Martin / S Grimaldi / Y Nicolet / A Magalon / A Walburger /
PubMed 要旨Redox processes are at the heart of energetic metabolism that drives life on earth. By extension, complex and efficient electron transfer wires are necessary to connect the various metabolic pathways ...Redox processes are at the heart of energetic metabolism that drives life on earth. By extension, complex and efficient electron transfer wires are necessary to connect the various metabolic pathways that are often located in distinct cellular compartments. Here, we uncovered a structural module that enables channeling of quinones from the membrane to various water-soluble redox catalytic units in prokaryotes. Using X-ray crystallography and cryo-electron microscopy, we determined the structure of the unusual bacterial formate dehydrogenase ForCE that contains four ForC catalytic subunits docked around a membrane-associated tetrameric ForE central scaffold. In the latter, a conserved domain that we propose to name helical membrane plugin (HMP) was identified as essential to link formate oxidation, in Bacillus subtilis, to the aerobic respiratory chain. Our bioinformatic analysis indicates that this HMP is associated with different quinone-reducing oxidoreductases, highlighting its broad importance as a functional unit to wire electrons between a given catalytic redox center and the quinone pool.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:40855134
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.694 - 3.626 Å
構造データ

19452

8rr0

EMDB-19452, PDB-8rr0:
CryoEM structure of Molybdenum bispyranopterin guanine dinucleotide formate dehydrogenases ForCE1 from Bacillus subtilis
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.35 Å

PDB-8rqz:
Crystal structure of Molybdenum bispyranopterin guanine dinucleotide formate dehydrogenases ForCE1 from Bacillus subtilis
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.694 Å

PDB-9gzq:
Structure of ForCE lacking the Helical Membrane Plug-in (HMP; DUF1641)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.626 Å

化合物

ChemComp-MYR:
MYRISTIC ACID

ChemComp-GOL:
GLYCEROL

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / リン脂質*YM

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

ChemComp-MGD:
2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE

ChemComp-4MO:
MOLYBDENUM(IV) ION

ChemComp-MQ7:
MENAQUINONE-7

ChemComp-H2S:
HYDROSULFURIC ACID

ChemComp-MLI:
MALONATE ION

ChemComp-NO3:
NITRATE ION

ChemComp-NA:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-11A:
UNDECANOIC ACID / 抗真菌剤*YM

PDB-1h2v:
Structure of the human nuclear cap-binding-complex (CBC)

ChemComp-SHV:
HEPTANOIC ACID

ChemComp-KNA:
nonanoic acid

由来
  • bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
  • bacillus subtilis (枯草菌)
キーワードOXIDOREDUCTASE / Bacterial metabolism Bioenergetics Metalloenzyme Quinone Iron-Sulfur Cluster Helical Membrane Plug-in / ELECTRON TRANSPORT / Formate dehydrogenase / DUF1641

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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