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万見
- PDB-8rqz: Crystal structure of Molybdenum bispyranopterin guanine dinucleot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rqz
タイトルCrystal structure of Molybdenum bispyranopterin guanine dinucleotide formate dehydrogenases ForCE1 from Bacillus subtilis
要素
  • Probable oxidoreductase YjgC
  • Uncharacterized protein YjgD
キーワードOXIDOREDUCTASE / Bacterial metabolism Bioenergetics Metalloenzyme Quinone Iron-Sulfur Cluster Helical Membrane Plug-in
機能・相同性
機能・相同性情報


formate metabolic process / formate dehydrogenase (NAD+) activity / 酸化還元酵素 / molybdopterin cofactor binding / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF1641 / Protein of unknown function (DUF1641) / Formate dehydrogenase, alpha subunit / Formate dehydrogenase H, N-terminal / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region ...Protein of unknown function DUF1641 / Protein of unknown function (DUF1641) / Formate dehydrogenase, alpha subunit / Formate dehydrogenase H, N-terminal / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding / His(Cys)3-ligated-type [4Fe-4S] domain profile. / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / Molybdopterin oxidoreductase, 4Fe-4S domain / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases 4Fe-4S domain profile. / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / 4Fe-4S dicluster domain / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
MOLYBDENUM(IV) ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HYDROSULFURIC ACID / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / Chem-MGD / MALONATE ION / MENAQUINONE-7 / MYRISTIC ACID / NITRATE ION / IRON/SULFUR CLUSTER ...MOLYBDENUM(IV) ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HYDROSULFURIC ACID / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / Chem-MGD / MALONATE ION / MENAQUINONE-7 / MYRISTIC ACID / NITRATE ION / IRON/SULFUR CLUSTER / Uncharacterized protein YjgD / Probable oxidoreductase YjgC
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.694 Å
データ登録者Cherrier, M.V. / Arnoux, P. / Martin, L. / Nicolet, Y. / Schoehn, G. / Legrand, P. / Broc, M. / Seduk, F. / Brasseur, G. / Arias-Cartin, R. ...Cherrier, M.V. / Arnoux, P. / Martin, L. / Nicolet, Y. / Schoehn, G. / Legrand, P. / Broc, M. / Seduk, F. / Brasseur, G. / Arias-Cartin, R. / Magalon, A. / Walburger, A. / Uzel, A. / Guigliarelli, B. / Grimaldi, S. / Pierrel, F. / Mate, M.
資金援助 フランス, 6件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-15-IDEX-02 フランス
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)ANR-10-INBS-05-02 フランス
Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology (GRAL)ANR-17-EURE-0003 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-22-CE44-0035-01 フランス
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)MICROBIOCO2 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR 16-CE29-0010-01 フランス
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: A scaffold for quinone channeling between membrane and soluble bacterial oxidoreductases.
著者: M Broc / M V Cherrier / A Uzel / R Arias-Cartin / P Arnoux / G Brasseur / F Seduk / B Guigliarelli / P Legrand / F Pierrel / G Schoehn / M J Maté / L Martin / S Grimaldi / Y Nicolet / A Magalon / A Walburger /
要旨: Redox processes are at the heart of energetic metabolism that drives life on earth. By extension, complex and efficient electron transfer wires are necessary to connect the various metabolic pathways ...Redox processes are at the heart of energetic metabolism that drives life on earth. By extension, complex and efficient electron transfer wires are necessary to connect the various metabolic pathways that are often located in distinct cellular compartments. Here, we uncovered a structural module that enables channeling of quinones from the membrane to various water-soluble redox catalytic units in prokaryotes. Using X-ray crystallography and cryo-electron microscopy, we determined the structure of the unusual bacterial formate dehydrogenase ForCE that contains four ForC catalytic subunits docked around a membrane-associated tetrameric ForE central scaffold. In the latter, a conserved domain that we propose to name helical membrane plugin (HMP) was identified as essential to link formate oxidation, in Bacillus subtilis, to the aerobic respiratory chain. Our bioinformatic analysis indicates that this HMP is associated with different quinone-reducing oxidoreductases, highlighting its broad importance as a functional unit to wire electrons between a given catalytic redox center and the quinone pool.
履歴
登録2024年1月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年9月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32025年11月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein YjgD
B: Uncharacterized protein YjgD
C: Probable oxidoreductase YjgC
D: Probable oxidoreductase YjgC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)274,66553
ポリマ－262,4664
非ポリマー12,19949
水12,376687
1
A: Uncharacterized protein YjgD
B: Uncharacterized protein YjgD
C: Probable oxidoreductase YjgC
D: Probable oxidoreductase YjgC
ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein YjgD
B: Uncharacterized protein YjgD
C: Probable oxidoreductase YjgC
D: Probable oxidoreductase YjgC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)549,331106
ポリマ－524,9338
非ポリマー24,39898
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation1
Buried area68670 Å2
ΔGint-875 kcal/mol
Surface area153600 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)210.833, 210.500, 494.213
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Uncharacterized protein YjgD


分子量: 21308.650 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: O34681
#2: タンパク質 Probable oxidoreductase YjgC


分子量: 109924.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: O34720, 酸化還元酵素

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非ポリマー , 13種, 736分子

#3: 化合物
ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#6: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物
ChemComp-MGD / 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE / MOLYBDOPTERIN GUANOSINE DINUCLEOTIDE


分子量: 740.557 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26N10O13P2S2
#9: 化合物 ChemComp-4MO / MOLYBDENUM(IV) ION


分子量: 95.940 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物 ChemComp-MQ7 / MENAQUINONE-7 / メナキノン7


分子量: 648.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H64O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物 ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE / 硫化水素


分子量: 34.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物
ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#13: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#14: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#15: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 687 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.5 M sodium manolate pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→49.5 Å / Num. obs: 96030 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 7.8 % / CC1/2: 0.984 / Rrim(I) all: 0.34 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2.65→2.88 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 34385 / CC1/2: 0.533 / Rrim(I) all: 0.1363 / % possible all: 65.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (26-JUL-2023)精密化
XDSJan 10, 2022データ削減
STARANISO2.3.89データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.694→49.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.888 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.856 / SU R Cruickshank DPI: 0.657 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.654 / SU Rfree Blow DPI: 0.325 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.329
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2306 4688 5.07 %RANDOM
Rwork0.1956 ---
obs0.1974 92424 61.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 59.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.5994 Å20 Å20 Å2
2---12.8272 Å20 Å2
3---23.4265 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.694→49.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17585 0 604 687 18876
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00718621HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9125222HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6637SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3159HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it18621HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.69
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.09
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2389SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies8HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance52HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact16891SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.694→2.83 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4444 -3.89 %
Rwork0.2906 1777 -
obs--8.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.55830.1326-0.430.4138-0.05090.2741-0.01620.06610.0022-0.0646-0.04440.0959-0.00250.10430.0606-0.00920.02230.0552-0.0911-0.01310.057149.106953.0195180.671
20.2607-0.08550.05230.6091-0.4820.3848-0.03260.0519-0.1806-0.07490.00560.0912-0.01320.00750.0269-0.0521-0.0141-0.0085-0.01050.02720.0352.382549.0101180.104
31.5118-0.2573-0.10740.6543-0.32880.3048-0.0044-0.1056-0.8393-0.1487-0.03760.0931-0.250.05080.0419-0.2884-0.00610.0126-0.28440.09690.46761.13962.6143205.048
40.64390.2338-0.36261.50830.12450.2332-0.02660.1740.08350.1251-0.02410.8760.06560.30250.0508-0.25530.00290.1082-0.3296-0.00830.4822.519244.1884205.092
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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