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- EMDB-19452: CryoEM structure of Molybdenum bispyranopterin guanine dinucleoti... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19452
タイトルCryoEM structure of Molybdenum bispyranopterin guanine dinucleotide formate dehydrogenases ForCE1 from Bacillus subtilis
マップデータ
試料
  • 複合体: Molybdenum bispyranopterin guanine dinucleotide formate dehydrogenases ForCE1
    • タンパク質・ペプチド: x 2種
  • リガンド: x 12種
キーワードBacterial metabolism Bioenergetics Metalloenzyme Quinone Iron-Sulfur Cluster Helical Membrane Plug-in / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


formate metabolic process / formate dehydrogenase (NAD+) activity / 酸化還元酵素 / molybdopterin cofactor binding / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF1641 / Protein of unknown function (DUF1641) / Formate dehydrogenase, alpha subunit / Formate dehydrogenase H, N-terminal / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region ...Protein of unknown function DUF1641 / Protein of unknown function (DUF1641) / Formate dehydrogenase, alpha subunit / Formate dehydrogenase H, N-terminal / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding / His(Cys)3-ligated-type [4Fe-4S] domain profile. / Molybdopterin oxidoreductase, 4Fe-4S domain / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases 4Fe-4S domain profile. / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / 4Fe-4S dicluster domain / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein YjgD / Probable oxidoreductase YjgC
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Cherrier MV / Arnoux P / Martin L / Nicolet Y / Schoehn G / Legrand P / Broc M / Seduk F / Brasseur G / Arias-Cartin R ...Cherrier MV / Arnoux P / Martin L / Nicolet Y / Schoehn G / Legrand P / Broc M / Seduk F / Brasseur G / Arias-Cartin R / Magalon A / Walburger A / Uzel A / Guigliarelli B / Grimaldi S / Pierrel F / Mate M
資金援助 フランス, 7件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-15-IDEX-02 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-15-IDEX-02 フランス
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)ANR-10-INBS-05-02 フランス
Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology (GRAL)ANR-10-LABX-49-01 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-22-CE44-0035-01 フランス
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)MICROBIOCO2 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR 16-CE29-0010-01 フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Conserved Helical Membrane Plug-in for Quinone reductases
著者: Cherrier MV / Arnoux P / Martin L / Nicolet Y / Schoehn G / Broc M / Seduk F / Brasseur G / Arias-Cartin R / Magalon A / Walburger A / Uzel A / Guigliarelli B / Grimaldi S / Pierrel F / Mate M
履歴
登録2024年1月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月6日-
マップ公開2025年8月6日-
更新2025年8月6日-
現状2025年8月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19452.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19452.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 352. Å		1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 352. Å		1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 352. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.18
最小 - 最大-0.6688908 - 2.4085891
平均 (標準偏差)0.0020752063 (±0.03724655)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 352.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19452_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_19452_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Molybdenum bispyranopterin guanine dinucleotide formate dehydroge...

全体名称: Molybdenum bispyranopterin guanine dinucleotide formate dehydrogenases ForCE1
要素
  • 複合体: Molybdenum bispyranopterin guanine dinucleotide formate dehydrogenases ForCE1
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized protein YjgD
    • タンパク質・ペプチド: Probable oxidoreductase YjgC
  • リガンド: UNDECANOIC ACID
  • リガンド: [(2~{R})-3-[[(2~{R})-2,3-bis(oxidanyl)propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-hexadecanoyloxy-propyl] octadecanoate
  • リガンド: HEPTANOIC ACID
  • リガンド: nonanoic acid
  • リガンド: MYRISTIC ACID
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE
  • リガンド: MOLYBDENUM(IV) ION
  • リガンド: HYDROSULFURIC ACID
  • リガンド: MENAQUINONE-7
  • リガンド: water

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超分子 #1: Molybdenum bispyranopterin guanine dinucleotide formate dehydroge...

超分子名称: Molybdenum bispyranopterin guanine dinucleotide formate dehydrogenases ForCE1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 524.244 KDa

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分子 #1: Uncharacterized protein YjgD

分子名称: Uncharacterized protein YjgD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 21.30865 KDa
配列文字列:
MAKAIKRIQK IEVTEEDQRK RDLREIEDAL IDHKEAILET LHMLGHMNER GVLPLLRGLF GQGDKVLDIL VKKADTEETA NTLKNLLLL FGTLGMLDVK QLEPLILKVN AGVASAVEQK NSEEKTGYFD IIRSLKDPEI NKSITLLFSF LKGMGQDTKE L ERTTQPPE HQKHHQEPRE KRGMNKRD

UniProtKB: Uncharacterized protein YjgD

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分子 #2: Probable oxidoreductase YjgC

分子名称: Probable oxidoreductase YjgC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 酸化還元酵素
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 109.924477 KDa
配列文字列: MAGKKTITIN GVEMEASEEQ TVLQLLNNSS IEVPQVCYHP SLGPIETCDT CIVSINGELK RSCSAELKDG DVIDTLSPDV KKAQVIGMD KILYNHELYC TVCDYNNGGC EIHNTVKEMK INHQSIPFDH KPYHKDESHP FYRYDPDQCI LCGRCVEACQ D VQVTETLT ...文字列:
MAGKKTITIN GVEMEASEEQ TVLQLLNNSS IEVPQVCYHP SLGPIETCDT CIVSINGELK RSCSAELKDG DVIDTLSPDV KKAQVIGMD KILYNHELYC TVCDYNNGGC EIHNTVKEMK INHQSIPFDH KPYHKDESHP FYRYDPDQCI LCGRCVEACQ D VQVTETLT IDWERKRPRV IWDNDVPINE SSCVSCGHCS TVCPCNAMME KGMEGEAGYL TGINNETLRP MIEITKGVET GY GSILAIS DMESAMRDER IKKTKTVCTY CGVGCSFDVW TKGRDILKVE PQEEAPANGI STCVKGKFGW DFVNSEERLT KPL IREGDH FREAEWEEAL LLIASKFTEL KEAFGPDSLA FITSSKCTNE ESYLMQKLAR GVIGTNNVDN CSRYCQSPAT AGLF RTVGY GGDSGSITDI AQADLVLIIG SNTSESHPVL STRIKRAHKL RGQKVIVADI RKHEMAERSD LFVQPRAGSD IVWLN AIAK YLIENGKADE RFLRERVNGR DEYVKSLAPY TLEYAEEKTG IDQETLIQMA EMIGQADSVC ALWAMGVTQH IGGSDT STA ISNLLLVTGN YGKPGAGSYP LRGHNNVQGA SDFGSMPDRL PGYEKVTDEQ VRQKYERVWG VPLPKEPGMT NHEMIEK IH SGQLKAMYVK GEEMGLVDSN INHVHAAYEK LDFFVVQDIF LSRTAEFADV VLPASPSLEK EGTFTNTERR IQRLYQVF E PLGESKPDWQ IIMEVANKLG AGWLYEHPAD IMEEAAKLSP IYAGVTYERL EGYNSLQWPV NADGKDSPLL FTERFPFPD GKAILYPVQW TEPKEFGEEY DIHVNNGRLL EHFHEGNLTY KSKGISEKTP EVFLEISPEL AAERGIQDGT LVRLTSPFGN VKVKCLITD RVKGKEVYLP MNDSGEAAIN LLTGSHADKD TDTPAYKETS AKMEILKHDG ISPLPKINHR NGNPQPQIGV Q VHKKWARK DYIFPGDAVK RGMGHNG

UniProtKB: Probable oxidoreductase YjgC

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分子 #3: UNDECANOIC ACID

分子名称: UNDECANOIC ACID / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 24 / 式: 11A
分子量理論値: 186.291 Da
Chemical component information

ChemComp-11A:
UNDECANOIC ACID / ウンデカン酸 / 抗真菌剤*YM

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分子 #4: [(2~{R})-3-[[(2~{R})-2,3-bis(oxidanyl)propoxy]-oxidanyl-phosphory...

分子名称: [(2~{R})-3-[[(2~{R})-2,3-bis(oxidanyl)propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-hexadecanoyloxy-propyl] octadecanoate
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 12 / 式: A1H2V
分子量理論値: 751.023 Da

+
分子 #5: HEPTANOIC ACID

分子名称: HEPTANOIC ACID / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 8 / 式: SHV
分子量理論値: 130.185 Da
Chemical component information

ChemComp-SHV:
HEPTANOIC ACID / ヘプタン酸

+
分子 #6: nonanoic acid

分子名称: nonanoic acid / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: KNA
分子量理論値: 158.238 Da
Chemical component information

ChemComp-KNA:
nonanoic acid / ノナン酸

+
分子 #7: MYRISTIC ACID

分子名称: MYRISTIC ACID / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 4 / 式: MYR
分子量理論値: 228.371 Da
Chemical component information

ChemComp-MYR:
MYRISTIC ACID / ミリスチン酸

+
分子 #8: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 4 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #9: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 16 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

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分子 #10: 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,1...

分子名称: 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE
タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 8 / 式: MGD
分子量理論値: 740.557 Da
Chemical component information

ChemComp-MGD:
2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE

+
分子 #11: MOLYBDENUM(IV) ION

分子名称: MOLYBDENUM(IV) ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 4 / 式: 4MO
分子量理論値: 95.94 Da
Chemical component information

ChemComp-4MO:
MOLYBDENUM(IV) ION

+
分子 #12: HYDROSULFURIC ACID

分子名称: HYDROSULFURIC ACID / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 4 / 式: H2S
分子量理論値: 34.081 Da
Chemical component information

ChemComp-H2S:
HYDROSULFURIC ACID / 硫化水素

+
分子 #13: MENAQUINONE-7

分子名称: MENAQUINONE-7 / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 4 / 式: MQ7
分子量理論値: 648.999 Da
Chemical component information

ChemComp-MQ7:
MENAQUINONE-7 / 2-メチル-3-(3,7,11,15,19,23,27-ヘプタメチル-2,6,10,14,18,22,26-オクタコサ(以下略)

+
分子 #14: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 84 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 6
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMMES
50.0 mMSodium sulfateNa2SO4

詳細: 50 mM MES pH 6 50mM Na2SO4
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 30 mA
凍結凍結剤: PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4977 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 45000

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2.) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2.) / 使用した粒子像数: 112095
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2.)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2.)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

8rqz


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8rr0:
CryoEM structure of Molybdenum bispyranopterin guanine dinucleotide formate dehydrogenases ForCE1 from Bacillus subtilis

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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