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Structure paper

タイトルAlternative splicing controls teneurin-3 compact dimer formation for neuronal recognition.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 3648, Year 2024
掲載日2024年4月29日
著者Christos Gogou / J Wouter Beugelink / Cátia P Frias / Leanid Kresik / Natalia Jaroszynska / Uwe Drescher / Bert J C Janssen / Robert Hindges / Dimphna H Meijer /
PubMed 要旨Neuronal network formation is facilitated by recognition between synaptic cell adhesion molecules at the cell surface. Alternative splicing of cell adhesion molecules provides additional specificity ...Neuronal network formation is facilitated by recognition between synaptic cell adhesion molecules at the cell surface. Alternative splicing of cell adhesion molecules provides additional specificity in forming neuronal connections. For the teneurin family of cell adhesion molecules, alternative splicing of the EGF-repeats and NHL domain controls synaptic protein-protein interactions. Here we present cryo-EM structures of the compact dimeric ectodomain of two teneurin-3 isoforms that harbour the splice insert in the EGF-repeats. This dimer is stabilised by an EGF8-ABD contact between subunits. Cryo-EM reconstructions of all four splice variants, together with SAXS and negative stain EM, reveal compacted dimers for each, with variant-specific dimeric arrangements. This results in specific trans-cellular interactions, as tested in cell clustering and stripe assays. The compact conformations provide a structural basis for teneurin homo- and heterophilic interactions. Altogether, our findings demonstrate how alternative splicing results in rearrangements of the dimeric subunits, influencing neuronal recognition and likely circuit wiring.
リンクNat Commun / PubMed:38684645 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 3.9 Å
構造データ

18889

8r50

EMDB-18889, PDB-8r50:
Mouse teneurin-3 compact dimer - A1B1 isoform
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

18890

8r51

EMDB-18890, PDB-8r51:
Mouse teneurin-3 non-compact subunit - A1B1 isoform
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

18891

8r54

EMDB-18891, PDB-8r54:
Mouse teneurin-3 non-compact subunit - A0B0 isoform
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-18900: Mouse teneurin-3 non-compact subunit - A0B1 isoform
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-18902: Mouse teneurin-3 non-compact subunit - A1B0 isoform
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-19409: Mouse teneurin-3 compact dimer - A1B0 isoform
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードCELL ADHESION / Synaptic cell adhesion molecule / Homodimer / Cis-synaptic

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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