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- EMDB-18889: Mouse teneurin-3 compact dimer - A1B1 isoform -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18889
タイトルMouse teneurin-3 compact dimer - A1B1 isoform
マップデータFull map of the mouse teneurin-3 a1b1 isoform compact dimer
試料
  • 複合体: mouse teneurin-3 C2 ectodomain
    • タンパク質・ペプチド: Teneurin-3
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードSynaptic cell adhesion molecule / Homodimer / Cis-synaptic / CELL ADHESION (細胞接着)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of homophilic cell adhesion / camera-type eye morphogenesis / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / neuron development / cell adhesion molecule binding / positive regulation of neuron projection development / neuron projection / protein heterodimerization activity / 神経繊維 ...regulation of homophilic cell adhesion / camera-type eye morphogenesis / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / neuron development / cell adhesion molecule binding / positive regulation of neuron projection development / neuron projection / protein heterodimerization activity / 神経繊維 / シグナル伝達 / protein homodimerization activity / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Teneurin intracellular, N-terminal / Teneurin Intracellular Region / Teneurin N-terminal domain profile. / Tox-GHH domain / GHH signature containing HNH/Endo VII superfamily nuclease toxin / YD repeat / Rhs repeat-associated core / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Epidermal growth factor-like domain. ...Teneurin intracellular, N-terminal / Teneurin Intracellular Region / Teneurin N-terminal domain profile. / Tox-GHH domain / GHH signature containing HNH/Endo VII superfamily nuclease toxin / YD repeat / Rhs repeat-associated core / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF様ドメイン
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Gogou C / Meijer DH
資金援助 オランダ, 1件
OrganizationGrant number国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)722.016.004 オランダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Alternative splicing controls teneurin-3 compact dimer formation for neuronal recognition.
著者: Christos Gogou / J Wouter Beugelink / Cátia P Frias / Leanid Kresik / Natalia Jaroszynska / Uwe Drescher / Bert J C Janssen / Robert Hindges / Dimphna H Meijer /
要旨: Neuronal network formation is facilitated by recognition between synaptic cell adhesion molecules at the cell surface. Alternative splicing of cell adhesion molecules provides additional specificity ...Neuronal network formation is facilitated by recognition between synaptic cell adhesion molecules at the cell surface. Alternative splicing of cell adhesion molecules provides additional specificity in forming neuronal connections. For the teneurin family of cell adhesion molecules, alternative splicing of the EGF-repeats and NHL domain controls synaptic protein-protein interactions. Here we present cryo-EM structures of the compact dimeric ectodomain of two teneurin-3 isoforms that harbour the splice insert in the EGF-repeats. This dimer is stabilised by an EGF8-ABD contact between subunits. Cryo-EM reconstructions of all four splice variants, together with SAXS and negative stain EM, reveal compacted dimers for each, with variant-specific dimeric arrangements. This results in specific trans-cellular interactions, as tested in cell clustering and stripe assays. The compact conformations provide a structural basis for teneurin homo- and heterophilic interactions. Altogether, our findings demonstrate how alternative splicing results in rearrangements of the dimeric subunits, influencing neuronal recognition and likely circuit wiring.
履歴
登録2023年11月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月8日-
マップ公開2024年5月8日-
更新2024年5月8日-
現状2024年5月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18889.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18889.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full map of the mouse teneurin-3 a1b1 isoform compact dimer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 320 pix.
= 267.52 Å		0.84 Å/pix.
x 320 pix.
= 267.52 Å		0.84 Å/pix.
x 320 pix.
= 267.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.836 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0144
最小 - 最大-0.035560787 - 0.07217375
平均 (標準偏差)0.00025138128 (±0.0030734246)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 267.52002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Full map of the mouse teneurin-3 a1b1 isoform...

ファイルemd_18889_additional_1.map
注釈Full map of the mouse teneurin-3 a1b1 isoform compact dimer after particle subtraction of density around interface domains
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map of the mouse teneurin-3 a1b1 isoform compact dimer

ファイルemd_18889_half_map_1.map
注釈Half map of the mouse teneurin-3 a1b1 isoform compact dimer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map of the mouse teneurin-3 a1b1 isoform compact dimer

ファイルemd_18889_half_map_2.map
注釈Half map of the mouse teneurin-3 a1b1 isoform compact dimer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : mouse teneurin-3 C2 ectodomain

全体名称: mouse teneurin-3 C2 ectodomain
要素
  • 複合体: mouse teneurin-3 C2 ectodomain
    • タンパク質・ペプチド: Teneurin-3
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: mouse teneurin-3 C2 ectodomain

超分子名称: mouse teneurin-3 C2 ectodomain / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 536.96 KDa

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分子 #1: Teneurin-3

分子名称: Teneurin-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 268.72225 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MARPLCTLLL LMATLAGALA GSHHHHHHGS QTENDTFENG KVNSDTVPTN TVSLPSGDNG KLGGFTHENN TIDSGELDIG RRAIQEVPP GIFWRSQLFI DQPQFLKFNI SLQKDALIGV YGRKGLPPSH TQYDFVELLD GSRLIAREQR NLVESERAGR Q ARSVSLHE ...文字列:
MARPLCTLLL LMATLAGALA GSHHHHHHGS QTENDTFENG KVNSDTVPTN TVSLPSGDNG KLGGFTHENN TIDSGELDIG RRAIQEVPP GIFWRSQLFI DQPQFLKFNI SLQKDALIGV YGRKGLPPSH TQYDFVELLD GSRLIAREQR NLVESERAGR Q ARSVSLHE AGFIQYLDSG IWHLAFYNDG KNPEQVSFNT IVIESVVECP RNCHGNGECV SGTCHCFPGF LGPDCSRAAC PV LCSGNGQ YSKGRCLCFS GWKGTECDVP TTQCIDPQCG GRGICIMGSC ACNSGYKGEN CEEADCLDPG CSNHGVCIHG ECH CNPGWG GSNCEILKTM CADQCSGHGT YLQESGSCTC DPNWTGPDCS NEICSVDCGS HGVCMGGSCR CEEGWTGPAC NQRA CHPRC AEHGTCKDGK CECSQGWNGE HCTIAHYLDK IVKEGCPGLC NSNGRCTLDQ NGWHCVCQPG WRGAGCDVAM ETLCT DSKD NEGDGLIDCM DPDCCLQSSC QNQPYCRGLP DPQDIISQSL QTPSQQAAKS FYDRISFLIG SDSTHVLPGE SPFNKS LAS VIRGQVLTAD GTPLIGVNVS FLHYSEYGYT ITRQDGMFDL VANGGASLTL VFERSPFLTQ YHTVWIPWNV FYVMDTL VM KKEENDIPSC DLSGFVRPSP IIVSSPLSTF FRSSPEDSPI IPETQVLHEE TTIPGTDLKL SYLSSRAAGY KSVLKITM T QAVIPFNLMK VHLMVAVVGR LFQKWFPASP NLAYTFIWDK TDAYNQKVYG LSEAVVSVGY EYESCLDLTL WEKRTAVLQ GYELDASNMG GWTLDKHHVL DVQNGILYKG NGENQFISQQ PPVVSSIMGN GRRRSISCPS CNGQADGNKL LAPVALACGI DGSLYVGDF NYVRRIFPSG NVTSVLELRN KDFRHSSNPA HRYYLATDPV TGDLYVSDTN TRRIYRPKSL TGAKDLTKNA E VVAGTGEQ CLPFDEARCG DGGKAVEATL MSPKGMAIDK NGLIYFVDGT MIRKVDQNGI ISTLLGSNDL TSARPLTCDT SM HISQVRL EWPTDLAINP MDNSIYVLDN NVVLQITENR QVRIAAGRPM HCQVPGVEYP VGKHAVQTTL ESATAIAVSY SGV LYITET DEKKINRIRQ VTTDGEISLV AGIPSECDCK NDANCDCYQS GDGYAKDAKL NAPSSLAASP DGTLYIADLG NIRI RAVSK NKPLLNSMNF YEVASPTDQE LYIFDINGTH QYTVSLVTGD YLYNFSYSND NDVTAVTDSN GNTLRIRRDP NRMPV RVVS PDNQVIWLTI GTNGCLKSMT AQGLELVLFT YHGNSGLLAT KSDETGWTTF FDYDSEGRLT NVTFPTGVVT NLHGDM DKA ITVDIESSSR EEDVSITSNL SSIDSFYTMV QDQLRNSYQI GYDGSLRIFY ASGLDSHYQT EPHVLAGTAN PTVAKRN MT LPGENGQNLV EWRFRKEQAQ GKVNVFGRKL RVNGRNLLSV DFDRTTKTEK IYDDHRKFLL RIAYDTSGHP TLWLPSSK L MAVNVTYSST GQIASIQRGT TSEKVDYDSQ GRIVSRVFAD GKTWSYTYLE KSMVLLLHSQ RQYIFEYDMW DRLSAITMP SVARHTMQTI RSIGYYRNIY NPPESNASII TDYNEEGLLL QTAFLGTSRR VLFKYRRQTR LSEILYDSTR VSFTYDETAG VLKTVNLQS DGFICTIRYR QIGPLIDRQI FRFSEDGMVN ARFDYSYDNS FRVTSMQGVI NETPLPIDLY QFDDISGKVE Q FGKFGVIY YDINQIISTA VMTYTKHFDA HGRIKEIQYE IFRSLMYWIT IQYDNMGRVT KREIKIGPFA NTTKYAYEYD VD GQLQTVY LNEKIMWRYN YDLNGNLHLL NPSSSARLTP LRYDLRDRIT RLGDVQYRLD EDGFLRQRGT EIFEYSSKGL LTR VYSKGS GWTVIYRYDG LGRRVSSKTS LGQHLQFFYA DLTYPTRITH VYNHSSSEIT SLYYDLQGHL FAMEISSGDE FYIA SDNTG TPLAVFSSNG LMLKQIQYTA YGEIYFDSNV DFQLVIGFHG GLYDPLTKLI HFGERDYDIL AGRWTTPDIE IWKRI GKDP APFNLYMFRN NNPASKIHDV KDYITDVNSW LVTFGFHLHN AIPGFPVPKF DLTEPSYELV KSQQWEDVPP IFGVQQ QVA RQAKAFLSLG KMAEVQVSRR KAGAEQSWLW FATVKSLIGK GVMLAVSQGR VQTNVLNIAN EDCIKVAAVL NNAFYLE NL HFTIEGKDTH YFIKTTTPES DLGTLRLTSG RKALENGINV TVSQSTTVVN GRTRRFADVE MQFGALALHV RYGMTLDE E KARILEQARQ RALARAWARE QQRVRDGEEG ARLWTEGEKR QLLSAGKVQG YDGYYVLSVE QYPELADSAN NIQFLRQSE IGKRAAA

UniProtKB: Teneurin-3

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 16 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.8 / 詳細: 20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 2mM CaCl2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 57545
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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