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タイトルStructural basis for Vipp1 membrane binding: from loose coats and carpets to ring and rod assemblies.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Year 2024
掲載日2024年10月8日
著者Benedikt Junglas / David Kartte / Mirka Kutzner / Nadja Hellmann / Ilona Ritter / Dirk Schneider / Carsten Sachse /
PubMed 要旨Vesicle-inducing protein in plastids 1 (Vipp1) is critical for thylakoid membrane biogenesis and maintenance. Although Vipp1 has recently been identified as a member of the endosomal sorting ...Vesicle-inducing protein in plastids 1 (Vipp1) is critical for thylakoid membrane biogenesis and maintenance. Although Vipp1 has recently been identified as a member of the endosomal sorting complexes required for transport III superfamily, it is still unknown how Vipp1 remodels membranes. Here, we present cryo-electron microscopy structures of Synechocystis Vipp1 interacting with membranes: seven structures of helical and stacked-ring assemblies at 5-7-Å resolution engulfing membranes and three carpet structures covering lipid vesicles at ~20-Å resolution using subtomogram averaging. By analyzing ten structures of N-terminally truncated Vipp1, we show that helix α0 is essential for membrane tubulation and forms the membrane-anchoring domain of Vipp1. Lastly, using a conformation-restrained Vipp1 mutant, we reduced the structural plasticity of Vipp1 and determined two structures of Vipp1 at 3.0-Å resolution, resolving the molecular details of membrane-anchoring and intersubunit contacts of helix α0. Our data reveal membrane curvature-dependent structural transitions from carpets to rings and rods, some of which are capable of inducing and/or stabilizing high local membrane curvature triggering membrane fusion.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:39379528
手法EM (らせん対称) / EM (単粒子) / EM (サブトモグラム平均)
解像度3.0 - 18.0 Å
構造データ

EMDB-18384, PDB-8qfv:
305A Vipp1 helical tubes in the presence of EPL
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 5.1 Å

EMDB-18420, PDB-8qhv:
275A Vipp1 helical tubes in the presence of EPL
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 7.0 Å

EMDB-18421, PDB-8qhw:
290A Vipp1 helical tubes in the presence of EPL
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 7.1 Å

EMDB-18422: C11 Vipp1 stacked rings in the presence of EPL
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.9 Å

EMDB-18423: C12 Vipp1 stacked rings in the presence of EPL
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.9 Å

EMDB-18424: C13 Vipp1 stacked rings in the presence of EPL
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.8 Å

EMDB-18425: C14 Vipp1 stacked rings in the presence of EPL
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.9 Å

EMDB-18426, PDB-8qhx:
280A Vipp1 H1-6 helical tubes in the presence of EPL
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 6.9 Å

EMDB-18427, PDB-8qhy:
300A Vipp1 H1-6 helical tubes in the presence of EPL
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 7.0 Å

EMDB-18428, PDB-8qhz:
320A Vipp1 H1-6 helical tubes
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 6.3 Å

EMDB-18429, PDB-8qi0:
340A Vipp1 H1-6 helical tubes
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 6.7 Å

EMDB-18430, PDB-8qi1:
360A Vipp1 H1-6 helical tubes
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 6.6 Å

EMDB-18431, PDB-8qi2:
370A Vipp1 H1-6 helical tubes
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 6.7 Å

EMDB-18432, PDB-8qi3:
390A Vipp1 H1-6 helical tubes
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 6.6 Å

EMDB-18433, PDB-8qi4:
400A Vipp1 H1-6 helical tubes
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 7.0 Å

EMDB-18434, PDB-8qi5:
405A Vipp1 H1-6 helical tubes
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 6.7 Å

EMDB-18435, PDB-8qi6:
420A Vipp1 H1-6 helical tubes
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 7.8 Å

EMDB-18620: Structure of Vipp1 carpet on EPL membrane
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 18.0 Å

EMDB-19863, PDB-9eom:
250A Vipp1 dL10Ala helical tubes in the presence of EPL
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 5.5 Å

EMDB-19864, PDB-9eon:
270A Vipp1 dL10Ala helical tubes in the presence of EPL
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 6.4 Å

EMDB-19865, PDB-9eoo:
260A Vipp1 dL10Ala helical tubes in the presence of EPL
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-19866, PDB-9eop:
270A Vipp1 dL10Ala helical tubes in the presence of EPL
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-19899: C15 Vipp1 dL10Ala ring
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.6 Å

EMDB-19900: C16 Vipp1 dL10Ala ring
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.0 Å

EMDB-19901: C17 Vipp1 dL10Ala ring
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.0 Å

EMDB-19902: C18 Vipp1 dL10Ala ring
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.3 Å

EMDB-19903: C19 Vipp1 dL10Ala ring
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.6 Å

EMDB-19904: C20 Vipp1 dL10Ala ring
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.0 Å

由来
  • synechocystis sp. pcc 6803 (バクテリア)
  • Syenchocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / membrane remodeling / membrane tubulation

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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