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タイトルMolecular plasticity of herpesvirus nuclear egress analysed in situ.
ジャーナル・号・ページNat Microbiol, Vol. 9, Issue 7, Page 1842-1855, Year 2024
掲載日2024年6月25日
著者Vojtěch Pražák / Yuliia Mironova / Daven Vasishtan / Christoph Hagen / Ulrike Laugks / Yannick Jensen / Saskia Sanders / John M Heumann / Jens B Bosse / Barbara G Klupp / Thomas C Mettenleiter / Michael Grange / Kay Grünewald /
PubMed 要旨The viral nuclear egress complex (NEC) allows herpesvirus capsids to escape from the nucleus without compromising the nuclear envelope integrity. The NEC lattice assembles on the inner nuclear ...The viral nuclear egress complex (NEC) allows herpesvirus capsids to escape from the nucleus without compromising the nuclear envelope integrity. The NEC lattice assembles on the inner nuclear membrane and mediates the budding of nascent nucleocapsids into the perinuclear space and their subsequent release into the cytosol. Its essential role makes it a potent antiviral target, necessitating structural information in the context of a cellular infection. Here we determined structures of NEC-capsid interfaces in situ using electron cryo-tomography, showing a substantial structural heterogeneity. In addition, while the capsid is associated with budding initiation, it is not required for curvature formation. By determining the NEC structure in several conformations, we show that curvature arises from an asymmetric assembly of disordered and hexagonally ordered lattice domains independent of pUL25 or other viral capsid vertex components. Our results advance our understanding of the mechanism of nuclear egress in the context of a living cell.
リンクNat Microbiol / PubMed:38918469 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度14.0 - 38.0 Å
構造データ

EMDB-17974: Pseudorabies virus cytosolic C-capsid (US3 KO) vertices determined in situ
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 31.0 Å

EMDB-17975: Pseudorabies virus primary enveloped (perinuclear) C-capsid (US3 KO) vertices determined in situ
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 23.0 Å

EMDB-17976: Pseudorabies nuclear C-capsids (US3 KO) vertices determined in situ
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 24.0 Å

EMDB-18473: Subtomogram average of pseudorabies virus nuclear egress complex helical form (UL31/34) determined in situ
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 21.0 Å

EMDB-18474: Subtomogram average of pseudorabies virus nuclear egress complex (UL31/34) determined in situ
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 14.0 Å

EMDB-18479: Pseudorabies virus cytosolic C-capsid (WT) vertices determined in situ
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 26.0 Å

EMDB-18480: Pseudorabies virus nuclear C-capsid (WT) vertices determined in situ
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 29.0 Å

EMDB-18481: Herpes simplex virus 1 cytosolic C-capsid (WT) vertices determined in situ
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 36.0 Å

EMDB-18482: Herpes simplex virus 1 capsid (WT) vertices in perinuclear NEC-coated vesicles determined in situ
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 38.0 Å

EMDB-18483: Herpes simplex virus 1 nuclear C-capsid (WT) vertices determined in situ
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 32.0 Å

EMDB-18484: Herpes simplex virus 1 nuclear egress complex (WT) determined in situ from perinuclear vesicles
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 27.0 Å

由来
  • Suid herpesvirus 1 strain Kaplan (ヘルペスウイルス)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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