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タイトルDistinct stabilization of the human T cell leukemia virus type 1 immature Gag lattice.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Year 2024
掲載日2024年9月6日
著者Martin Obr / Mathias Percipalle / Darya Chernikova / Huixin Yang / Andreas Thader / Gergely Pinke / Dario Porley / Louis M Mansky / Robert A Dick / Florian K M Schur /
PubMed 要旨Human T cell leukemia virus type 1 (HTLV-1) immature particles differ in morphology from other retroviruses, suggesting a distinct way of assembly. Here we report the results of cryo-electron ...Human T cell leukemia virus type 1 (HTLV-1) immature particles differ in morphology from other retroviruses, suggesting a distinct way of assembly. Here we report the results of cryo-electron tomography studies of HTLV-1 virus-like particles assembled in vitro, as well as derived from cells. This work shows that HTLV-1 uses a distinct mechanism of Gag-Gag interactions to form the immature viral lattice. Analysis of high-resolution structural information from immature capsid (CA) tubular arrays reveals that the primary stabilizing component in HTLV-1 is the N-terminal domain of CA. Mutagenesis analysis supports this observation. This distinguishes HTLV-1 from other retroviruses, in which the stabilization is provided primarily by the C-terminal domain of CA. These results provide structural details of the quaternary arrangement of Gag for an immature deltaretrovirus and this helps explain why HTLV-1 particles are morphologically distinct.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:39242978
手法EM (サブトモグラム平均) / EM (トモグラフィー)
解像度3.4 - 6.9 Å
構造データ

17929

8pu6

EMDB-17929, PDB-8pu6:
Structure of immature HTLV-1 CA-NTD from in vitro assembled MA126-CANC tubes: pooled class
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 3.4 Å

17930

8pu7

EMDB-17930, PDB-8pu7:
Structure of immature HTLV-1 CA-NTD from in vitro assembled MA126-CANC tubes: axis angle -20 degrees
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.8 Å

17931

8pu8

EMDB-17931, PDB-8pu8:
Structure of immature HTLV-1 CA-NTD from in vitro assembled MA126-CANC tubes: axis angle -15 degrees
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.0 Å

17932

8pu9

EMDB-17932, PDB-8pu9:
Structure of immature HTLV-1 CA-NTD from in vitro assembled MA126-CANC tubes: axis angle -10 degrees
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 3.7 Å

17933

8pua

EMDB-17933, PDB-8pua:
Structure of immature HTLV-1 CA-NTD from in vitro assembled MA126-CANC tubes: axis angle -05 degrees
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 3.7 Å

17934

8pub

EMDB-17934, PDB-8pub:
Structure of immature HTLV-1 CA-NTD from in vitro assembled MA126-CANC tubes: axis angle 0 degrees
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.0 Å

17935

8puc

EMDB-17935, PDB-8puc:
Structure of immature HTLV-1 CA-NTD from in vitro assembled MA126-CANC tubes: axis angle 05 degrees
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.3 Å

17936

8pud

EMDB-17936, PDB-8pud:
Structure of immature HTLV-1 CA-NTD from in vitro assembled MA126-CANC tubes: axis angle 10 degrees
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.5 Å

17937

8pue

EMDB-17937, PDB-8pue:
Structure of immature HTLV-1 CA-NTD from in vitro assembled MA126-CANC tubes: axis angle 15 degrees
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.9 Å

EMDB-17938: Cryo-electron tomogram of HTLV-1 MA126CANC tubes
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-17939: Cryo-electron tomogram of HTLV-1 MA126CANC tubes
手法: EM (トモグラフィー)

17940

8puf

EMDB-17940, PDB-8puf:
Structure of immature HTLV-1 CA-NTD from in vitro assembled MA126-CANC tubes: axis angle 20 degrees
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.1 Å

EMDB-17941: Cryo-electron tomogram containing HTLV-1 Gag-based VLPs
手法: EM (トモグラフィー)

17942

8pug

EMDB-17942, PDB-8pug:
Structure of the immature HTLV-1 CA lattice from full-length Gag VLPs: CA-NTD refinement
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 5.9 Å

17943

8puh

EMDB-17943, PDB-8puh:
Structure of the immature HTLV-1 CA lattice from full-length Gag VLPs: CA-CTD refinement
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.2 Å

由来
  • human t-cell leukemia virus type i (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / Retrovirus / HTLV / immature capsid / CA / CA-NTD

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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