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タイトルMolecular mechanism of dynein-dynactin complex assembly by LIS1.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 383, Issue 6690, Page eadk8544, Year 2024
掲載日2024年3月29日
著者Kashish Singh / Clinton K Lau / Giulia Manigrasso / José B Gama / Reto Gassmann / Andrew P Carter /
PubMed 要旨Cytoplasmic dynein is a microtubule motor vital for cellular organization and division. It functions as a ~4-megadalton complex containing its cofactor dynactin and a cargo-specific coiled-coil ...Cytoplasmic dynein is a microtubule motor vital for cellular organization and division. It functions as a ~4-megadalton complex containing its cofactor dynactin and a cargo-specific coiled-coil adaptor. However, how dynein and dynactin recognize diverse adaptors, how they interact with each other during complex formation, and the role of critical regulators such as lissencephaly-1 (LIS1) protein (LIS1) remain unclear. In this study, we determined the cryo-electron microscopy structure of dynein-dynactin on microtubules with LIS1 and the lysosomal adaptor JIP3. This structure reveals the molecular basis of interactions occurring during dynein activation. We show how JIP3 activates dynein despite its atypical architecture. Unexpectedly, LIS1 binds dynactin's p150 subunit, tethering it along the length of dynein. Our data suggest that LIS1 and p150 constrain dynein-dynactin to ensure efficient complex formation.
リンクScience / PubMed:38547289 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.5 - 10.0 Å
構造データ

EMDB-17825, PDB-8pqv:
Cytoplasmic dynein-1 motor domain in post-powerstroke state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-17826, PDB-8pqw:
Cytoplasmic dynein-1 motor domain bound to dynactin-p150glued and LIS1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-17828, PDB-8pqy:
Cytoplasmic dynein-1 motor domain bound to LIS1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-17829, PDB-8pqz:
Cytoplasmic dynein-1 A1/A2 motor domains bound to LIS1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.5 Å

EMDB-17830, PDB-8pr0:
Cytoplasmic dynein-A heavy chain bound to dynactin-p150glued and IC-LC tower
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.4 Å

EMDB-17831, PDB-8pr1:
Cytoplasmic dynein-B heavy chain bound to IC-LC tower
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.2 Å

EMDB-17832, PDB-8pr2:
Cytoplasmic dynein-1 heavy chain bound to JIP3-LZI
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-17833, PDB-8pr3:
Cytoplasmic dynein-1 heavy chain bound to JIP3-RH1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-17834, PDB-8pr4:
Dynactin pointed end bound to JIP3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-17835: Consensus cryo-EM structure of Dynein-Dynactin-JIP3(1-185)-LIS1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-17836: Consensus cryo-EM structure of Dynein-dynactin-JIP3(1-560)-LIS1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.9 Å

EMDB-17873, PDB-8ptk:
Composite structure of Dynein-Dynactin-JIP3-LIS1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.0 Å

PDB-8pr5:
Structure of the autoinhibited dynactin p150glued projection
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 8.6 Å

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • sus scrofa (ブタ)
キーワードMOTOR PROTEIN / Dynein / AAA-Atpase / p150 / LIS1 / dynactin / LC8 / TCTEX1 / JIP3

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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