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タイトルHow Pol a-primase is targeted to replisomes to prime eukaryotic DNA replication
ジャーナル・号・ページMol. Cell, Year 2023
掲載日2022年7月4日 (構造データの登録日)
著者Jones ML / Aria V / Baris Y / Yeeles JTP
リンクMol. Cell / PubMedで検索
手法EM (単粒子)
解像度2.98 - 8.75098 Å
構造データ

EMDB-15303: S. cerevisiae pol alpha bound to the core replisome engaged with a fork DNA substrate containing a 60 nucleotide lagging strand - unbinned.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.34 Å

EMDB-15304: Csm3/Tof1 local refinement - pol alpha bound replisome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.93 Å

EMDB-15305: C-tier local refinement, pol alpha - replisome complex. Locally filtered
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.23 Å

EMDB-15306: Pol12, PolA1 and Pri2 N-terminal domain local refinement. Pol alpha - replisome complex.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.04 Å

EMDB-15309: Pol alpha - replisome complex containing Ctf4. Engaged on a DNA fork containing a 60 nucleotide lagging strand.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.64 Å

EMDB-15310: Ctf4 - GINS - Cdc45 local refinement. Pol alpha - replisome complex.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.33 Å

EMDB-15340: MCM C-tier local refinement. Human replisome bound by pol alpha, engaged on fork DNA with 60 nt lagging strand.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-15341: Human replisome bound by pol alpha, engaged on fork DNA containing a 60 nt lagging strand.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-15342: AND-1, CDC45, GINS local refinement. Human replisome bound by pol alpha - engaged on a 60 nt lagging strand DNA fork substrate.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-15349: Human replisome bound by Pol Alpha, locally filtered. Strong PRIM1 density. Engaged on a fork DNA substrate containing a 60 nt lagging strand.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.33 Å

EMDB-15351: Pol alpha local refinement. Human replisome bound by Pol Alpha, engaged on a fork DNA substrate containing a 60 nt lagging strand.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-15356: TIMELESS/TIPIN local refinement. Human replisome bound by Pol Alpha engaged on fork DNA with a 60 nt lagging strand.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.05 Å

EMDB-15902: S. cerevisiae replisome + Ctf4 + pol alpha. Unbinned, locally filtered.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-15904: Composite map - human replisome + Pol alpha
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-15918: Human replisome + pol alpha. Not engaged on DNA.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-15922: Human replisome bound to pol alpha engaged on a DNA fork substrate containing a 15 nucleotide lagging strand.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-15923: Human replisome prepared in the presence of a fork DNA substrate containing a 60 nucleotide lagging strand. Off DNA.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-16247: Local refinement, Pri1:Pri2-CTD. Pol alpha primase associated budding yeast replisome.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.75098 Å

EMDB-16248: Pol alpha primase associated budding yeast replisome. Consensus refinement containing clear density for the Pri2-CTD and Pol1 exo/cat domains.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.61857 Å

EMDB-16320: Pol-alpha primase associated replisome binned consensus refinement in the absence of Ctf4, 60 nucleotide 5'-flap DNA fork
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.64 Å

EMDB-16322: Pol alpha-primase associated replisome unbinned consensus refinement in the absence of Ctf4, 60 nucleotide 5'-flap DNA fork
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.47 Å

EMDB-16323: Un-binned consensus refinement of Pol alpha-primase associated with the replisome only via the Pri2:Mcm5ZnF interface, 60 nucleotide 5'-flap DNA fork
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.98 Å

EMDB-16885: Pol12:Pol1CTD local refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.8 Å

由来
  • Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • Homo sapiens (ヒト)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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