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タイトルA molecular network of conserved factors keeps ribosomes dormant in the egg.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 613, Issue 7945, Page 712-720, Year 2023
掲載日2023年1月18日
著者Friederike Leesch / Laura Lorenzo-Orts / Carina Pribitzer / Irina Grishkovskaya / Josef Roehsner / Anastasia Chugunova / Manuel Matzinger / Elisabeth Roitinger / Katarina Belačić / Susanne Kandolf / Tzi-Yang Lin / Karl Mechtler / Anton Meinhart / David Haselbach / Andrea Pauli /
PubMed 要旨Ribosomes are produced in large quantities during oogenesis and are stored in the egg. However, the egg and early embryo are translationally repressed. Here, using mass spectrometry and cryo-electron ...Ribosomes are produced in large quantities during oogenesis and are stored in the egg. However, the egg and early embryo are translationally repressed. Here, using mass spectrometry and cryo-electron microscopy analyses of ribosomes isolated from zebrafish (Danio rerio) and Xenopus laevis eggs and embryos, we provide molecular evidence that ribosomes transition from a dormant state to an active state during the first hours of embryogenesis. Dormant ribosomes are associated with four conserved factors that form two modules, consisting of Habp4-eEF2 and death associated protein 1b (Dap1b) or Dap in complex with eIF5a. Both modules occupy functionally important sites and act together to stabilize ribosomes and repress translation. Dap1b (also known as Dapl1 in mammals) is a newly discovered translational inhibitor that stably inserts into the polypeptide exit tunnel. Addition of recombinant zebrafish Dap1b protein is sufficient to block translation and reconstitute the dormant egg ribosome state in a mammalian translation extract in vitro. Thus, a developmentally programmed, conserved ribosome state has a key role in ribosome storage and translational repression in the egg.
リンクNature / PubMed:36653451 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.3 - 3.2 Å
構造データ

13111

7oya

EMDB-13111, PDB-7oya:
Cryo-EM structure of the 1 hpf zebrafish embryo 80S ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

13112

7oyb

EMDB-13112, PDB-7oyb:
Cryo-EM structure of the 6 hpf zebrafish embryo 80S ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

13113

7oyc

EMDB-13113, PDB-7oyc:
Cryo-EM structure of the Xenopus egg 80S ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

13114

7oyd

EMDB-13114, PDB-7oyd:
Cryo-EM structure of a rabbit 80S ribosome with zebrafish Dap1b
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

EMDB-13115: Cryo-EM structure of the 80S rabbit ribosome from reticulocyte lysate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

EMDB-14588: Cryo-EM map of the Xenopus egg dormant ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.97 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • danio rerio (ゼブラフィッシュ)
  • Zebrafish, Brachydanio rerio
  • xenopus laevis (アフリカツメガエル)
  • African clawed frog (アフリカツメガエル)
  • oryctolagus cuniculus (ウサギ)
キーワードRIBOSOME / translation / embryo / zebrafish / maternal / Dap1 / Dap1b / Habp4 / Eif5a / Eef2b / Eef2 / DapL1 / egg / Xenopus

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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