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Structure paper

タイトルStructures from intact myofibrils reveal mechanism of thin filament regulation through nebulin.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 375, Issue 6582, Page eabn1934, Year 2022
掲載日2022年2月18日
著者Zhexin Wang / Michael Grange / Sabrina Pospich / Thorsten Wagner / Ay Lin Kho / Mathias Gautel / Stefan Raunser /
PubMed 要旨In skeletal muscle, nebulin stabilizes and regulates the length of thin filaments, but the underlying mechanism remains nebulous. In this work, we used cryo-electron tomography and subtomogram ...In skeletal muscle, nebulin stabilizes and regulates the length of thin filaments, but the underlying mechanism remains nebulous. In this work, we used cryo-electron tomography and subtomogram averaging to reveal structures of native nebulin bound to thin filaments within intact sarcomeres. This in situ reconstruction provided high-resolution details of the interaction between nebulin and actin, demonstrating the stabilizing role of nebulin. Myosin bound to the thin filaments exhibited different conformations of the neck domain, highlighting its inherent structural variability in muscle. Unexpectedly, nebulin did not interact with myosin or tropomyosin, but it did interact with a troponin T linker through two potential binding motifs on nebulin, explaining its regulatory role. Our structures support the role of nebulin as a thin filament "molecular ruler" and provide a molecular basis for studying nemaline myopathies.
リンクScience / PubMed:35175800
手法EM (サブトモグラム平均) / EM (トモグラフィー)
解像度4.5 - 12.0 Å
構造データ

13990

7qim

EMDB-13990, PDB-7qim:
In situ structure of nebulin bound to actin filament in skeletal sarcomere
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.5 Å

13991

7qin

EMDB-13991, PDB-7qin:
In situ structure of actomyosin complex in skeletal sarcomere
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.6 Å

EMDB-13992:
In situ structure of myosin neck domain in skeletal sarcomere (centered on essential light chain)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.9 Å

13993

7qio

EMDB-13993: In situ structure of myosin neck domain in skeletal sarcomere (centered on regulatory light chain)
PDB-7qio: Homology model of myosin neck domain in skeletal sarcomere
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.0 Å

EMDB-13994:
In situ structure of nebulin bound to F-actin in skeletal sarcomere I-band
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.4 Å

EMDB-13995:
In situ structure of F-actin in thin filament from cardiac sarcomere
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.3 Å

EMDB-13996:
In situ structure of actomyosin in cardiac sarcomere
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.7 Å

EMDB-13997:
In situ structure of myosin double-head in cardiac sarcomere
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 12.0 Å

EMDB-13998:
Tomogram of skeletal sarcomere A-band after FIB-milling
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-13999:
Tomogram of skeletal sarcomere I-band after FIB-milling
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-14000:
Tomogram of cardiac sarcomere A-band and M-band after FIB-milling
手法: EM (トモグラフィー)

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • house mouse (ハツカネズミ)
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / Skeletal muscle / Sarcomere / Thin filament / Cross-bridge / MOTOR PROTEIN

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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