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タイトルStructure and assembly of the S-layer in C. difficile.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 970, Year 2022
掲載日2022年2月25日
著者Paola Lanzoni-Mangutchi / Oishik Banerji / Jason Wilson / Anna Barwinska-Sendra / Joseph A Kirk / Filipa Vaz / Shauna O'Beirne / Arnaud Baslé / Kamel El Omari / Armin Wagner / Neil F Fairweather / Gillian R Douce / Per A Bullough / Robert P Fagan / Paula S Salgado /
PubMed 要旨Many bacteria and archaea possess a two-dimensional protein array, or S-layer, that covers the cell surface and plays crucial roles in cell physiology. Here, we report the crystal structure of SlpA, ...Many bacteria and archaea possess a two-dimensional protein array, or S-layer, that covers the cell surface and plays crucial roles in cell physiology. Here, we report the crystal structure of SlpA, the main S-layer protein of the bacterial pathogen Clostridioides difficile, and use electron microscopy to study S-layer organisation and assembly. The SlpA crystal lattice mimics S-layer assembly in the cell, through tiling of triangular prisms above the cell wall, interlocked by distinct ridges facing the environment. Strikingly, the array is very compact, with pores of only ~10 Å in diameter, compared to other S-layers (30-100 Å). The surface-exposed flexible ridges are partially dispensable for overall structure and assembly, although a mutant lacking this region becomes susceptible to lysozyme, an important molecule in host defence. Thus, our work gives insights into S-layer organisation and provides a basis for development of C. difficile-specific therapeutics.
リンクNat Commun / PubMed:35217634 / PubMed Central
手法EM (電子線結晶学) / X線回折
解像度1.5 - 3.5 Å
構造データ

13957

7qgq

EMDB-13957, PDB-7qgq:
Extended H/L (SLPH/SLPL) complex from C. difficile (CD630 strain) fit into R20291 S-layer negative stain map
手法: EM (電子線結晶学)

PDB-7acv:
SLPL/HID (LMW SLP complex with HMW SLP interacting domain - HID) from C. difficile (R7404 strain)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

PDB-7acw:
LID/HID (LMW SLP and HMW SLP interacting domains) from C. difficile (R7404 strain)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-7acx:
H/L (SLPH/SLPL) complex from C. difficile (R7404 strain)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.65 Å

PDB-7acy:
H/L (SLPH/SLPL) complex from C. difficile (CD630 strain)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.55 Å

PDB-7acz:
RdeltaD2 H/L (LMW SLP/HMW SLP) complex from C. difficile SlpA (R20291 strain)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.5 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

由来
  • clostridioides difficile r20291 (バクテリア)
  • clostridioides difficile 630 (バクテリア)
  • clostridioides difficile (バクテリア)
  • clostridioides difficile (strain 630) (バクテリア)
  • clostridioides difficile (strain r20291) (バクテリア)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / bacterial surface layer protein / SLP LMW / SLP HMW interacting domain (HID) / Bacterial surface / S-layer

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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