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タイトルRevealing the structures of megadalton-scale DNA complexes with nucleotide resolution.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 11, Issue 1, Page 6229, Year 2020
掲載日2020年12月4日
著者Massimo Kube / Fabian Kohler / Elija Feigl / Baki Nagel-Yüksel / Elena M Willner / Jonas J Funke / Thomas Gerling / Pierre Stömmer / Maximilian N Honemann / Thomas G Martin / Sjors H W Scheres / Hendrik Dietz /
PubMed 要旨The methods of DNA nanotechnology enable the rational design of custom shapes that self-assemble in solution from sets of DNA molecules. DNA origami, in which a long template DNA single strand is ...The methods of DNA nanotechnology enable the rational design of custom shapes that self-assemble in solution from sets of DNA molecules. DNA origami, in which a long template DNA single strand is folded by many short DNA oligonucleotides, can be employed to make objects comprising hundreds of unique DNA strands and thousands of base pairs, thus in principle providing many degrees of freedom for modelling complex objects of defined 3D shapes and sizes. Here, we address the problem of accurate structural validation of DNA objects in solution with cryo-EM based methodologies. By taking into account structural fluctuations, we can determine structures with improved detail compared to previous work. To interpret the experimental cryo-EM maps, we present molecular-dynamics-based methods for building pseudo-atomic models in a semi-automated fashion. Among other features, our data allows discerning details such as helical grooves, single-strand versus double-strand crossovers, backbone phosphate positions, and single-strand breaks. Obtaining this higher level of detail is a step forward that now allows designers to inspect and refine their designs with base-pair level interventions.
リンクNat Commun / PubMed:33277481 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度7.4 - 28.0 Å
構造データ

EMDB-10993:
42 Helix Bundle with aligned Staple Breaks after UV Illumination
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-11159:
Dumbbell_1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 21.0 Å

EMDB-11168:
Dumbbell_2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.0 Å

EMDB-11170, PDB-7as5:
126 helix bundle DNA nanostructure
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.8 Å

EMDB-11294:
42hb with aligned staple breaks
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.5 Å

EMDB-11295:
42hb with aligned staple breaks and 1T at staple termini
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-11296:
42hb with aligned staple breaks and 1T at staple termini after UV illumination
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-11297:
42hb with reduced staple density
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-11298:
42hb with reduced staple density after UV illumination
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.0 Å

EMDB-11343:
48hb brick with 1T at staple crossovers
手法: EM (単粒子) / 解像度: 13.0 Å

EMDB-11344:
48hb brick with 2T at staple crossovers
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.0 Å

EMDB-11345:
48hb brick with 4T at staple crossovers
手法: EM (単粒子) / 解像度: 26.0 Å

EMDB-11346:
hinged beam object v1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 26.0 Å

EMDB-11348:
hinged beam object v2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-11349:
hinged beam like object v3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 26.0 Å

EMDB-11350:
hinged beam like object v4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.0 Å

EMDB-11351:
six helix tube v1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.0 Å

EMDB-11352:
six helix tube v2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.0 Å

EMDB-11353:
six helix tube v3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-11354:
six helix tube v4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-11355:
10 helix bundle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 28.0 Å

EMDB-11367: 16 helix bundle
PDB-7arq: Cryo EM of 3D DNA origami 16 helix bundle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.0 Å

EMDB-11378: Twist-Tower_twist-corrected
PDB-7ary: Twist-Tower_twist-corrected-variant
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.5 Å

EMDB-11379, PDB-7arv:
TwistTower_native-twist
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.4 Å

EMDB-11387, PDB-7art:
48 helix bundle DNA origami brick
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.9 Å

EMDB-11881, PDB-7are:
DNA origami pointer object v2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.4 Å

由来
  • synthetic construct (人工物)
  • Escherichia virus M13 (ウイルス)
キーワードDNA / DNA Origami

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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