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タイトルThe substrate specificity switch FlhB assembles onto the export gate to regulate type three secretion.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 11, Issue 1, Page 1296, Year 2020
掲載日2020年3月10日
著者Lucas Kuhlen / Steven Johnson / Andreas Zeitler / Sandra Bäurle / Justin C Deme / Joseph J E Caesar / Rebecca Debo / Joseph Fisher / Samuel Wagner / Susan M Lea /
PubMed 要旨Protein secretion through type-three secretion systems (T3SS) is critical for motility and virulence of many bacteria. Proteins are transported through an export gate containing three proteins ...Protein secretion through type-three secretion systems (T3SS) is critical for motility and virulence of many bacteria. Proteins are transported through an export gate containing three proteins (FliPQR in flagella, SctRST in virulence systems). A fourth essential T3SS protein (FlhB/SctU) functions to "switch" secretion substrate specificity once the growing hook/needle reach their determined length. Here, we present the cryo-electron microscopy structure of an export gate containing the switch protein from a Vibrio flagellar system at 3.2 Å resolution. The structure reveals that FlhB/SctU extends the helical export gate with its four predicted transmembrane helices wrapped around FliPQR/SctRST. The unusual topology of the FlhB/SctU helices creates a loop wrapped around the bottom of the closed export gate. Structure-informed mutagenesis suggests that this loop is critical in gating secretion and we propose that a series of conformational changes in the T3SS trigger opening of the gate through interactions between FlhB/SctU and FliPQR/SctRST.
リンクNat Commun / PubMed:32157081 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.2 - 4.1 Å
構造データ

10093

6s3l

EMDB-10093, PDB-6s3l:
Structure of the core of the flagellar export apparatus from Vibrio mimicus, the FliPQR-FlhB complex.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

10095

6s3r

EMDB-10095, PDB-6s3r:
Structure of the FliPQR complex from the flagellar type 3 secretion system of Pseudomonas savastanoi.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

10096

6s3s

EMDB-10096, PDB-6s3s:
Structure of the FliPQR complex from the flagellar type 3 secretion system of Vibrio mimicus.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-10653:
Structure of the core of the flagellar export apparatus from Vibrio mimicus, the FliPQR-FlhB, in amphipol A8-35
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

由来
  • vibrio mimicus caim 602 (バクテリア)
  • Pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola 1448A (バクテリア)
  • pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola (strain 1448a / race 6) (バクテリア)
  • pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola (バクテリア)
  • Vibrio mimicus (バクテリア)
キーワードPROTEIN TRANSPORT / flagella (鞭毛) / T3SS / export apparatus / export gate

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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