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タイトルCryo-EM structures of cardiac thin filaments reveal the 3D architecture of troponin.
ジャーナル・号・ページJ Struct Biol, Vol. 209, Issue 3, Page 107450, Year 2020
掲載日2020年3月1日
著者Toshiyuki Oda / Haruaki Yanagisawa / Takeyuki Wakabayashi /
PubMed 要旨Troponin is an essential component of striated muscle and it regulates the sliding of actomyosin system in a calcium-dependent manner. Despite its importance, the structure of troponin has been ...Troponin is an essential component of striated muscle and it regulates the sliding of actomyosin system in a calcium-dependent manner. Despite its importance, the structure of troponin has been elusive due to its high structural heterogeneity. In this study, we analyzed the 3D structures of murine cardiac thin filaments using a cryo-electron microscope equipped with a Volta phase plate (VPP). Contrast enhancement by a VPP enabled us to reconstruct the entire repeat of the thin filament. We determined the orientation of troponin relative to F-actin and tropomyosin, and characterized the interactions between troponin and tropomyosin. This study provides a structural basis for understanding the molecular mechanism of actomyosin system.
リンクJ Struct Biol / PubMed:31954841
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 12.0 Å
構造データ

EMDB-0711, PDB-6kll:
F-actin of cardiac thin filament in low-calcium state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-0712, PDB-6kln:
F-actin of cardiac thin filament in high-calcium state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-0714, PDB-6klp:
Tropomyosin of cardiac thin filament in low-calcium state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.6 Å

EMDB-0715, PDB-6klq:
Tropomyosin of cardiac thin filament in high-calcium state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.7 Å

EMDB-0717, PDB-6klt:
Troponin of cardiac thin filament in low-calcium state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.0 Å

EMDB-0718, PDB-6klu:
Troponin of cardiac thin filament in high-calcium state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.0 Å

EMDB-0796:
F-actin part of cardiac thin filament, actin levels II-IV, low calcium state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-0797:
Tropomyosin in low calcium state, actin levels II-IV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.3 Å

EMDB-0798:
F-actin part of cardiac thin filament in low calcium state, actin levels VI-VII, I
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-0799:
Tropomyosin of cardiac thin filament in low Ca state, actin levels VI-VII, I
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.6 Å

EMDB-0802:
F-actin part of cardiac thin filament in high Ca state, actin levels II-IV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.5 Å

EMDB-0804:
Tropomyosin in high Ca state, actin levels II-IV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.5 Å

EMDB-0805:
F-actin part of cardiac thin filament in high Ca state, actin levels VI-VII, I
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-0806:
Tropomyosin in high Ca state, actin levels VI-VII, I
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.4 Å

EMDB-0807:
Cardiac thin filament in low calcium state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-0808:
Cardiac thin filament in high calcium state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • Mouse (ネズミ)
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / Cardiac thin filament

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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