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Structure paper

タイトルSignaling ammonium across membranes through an ammonium sensor histidine kinase.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 9, Issue 1, Page 164, Year 2018
掲載日2018年1月11日
著者Tobias Pflüger / Camila F Hernández / Philipp Lewe / Fabian Frank / Haydyn Mertens / Dmitri Svergun / Manfred W Baumstark / Vladimir Y Lunin / Mike S M Jetten / Susana L A Andrade /
PubMed 要旨Sensing and uptake of external ammonium is essential for anaerobic ammonium-oxidizing (anammox) bacteria, and is typically the domain of the ubiquitous Amt/Rh ammonium transporters. Here, we report ...Sensing and uptake of external ammonium is essential for anaerobic ammonium-oxidizing (anammox) bacteria, and is typically the domain of the ubiquitous Amt/Rh ammonium transporters. Here, we report on the structure and function of an ammonium sensor/transducer from the anammox bacterium "Candidatus Kuenenia stuttgartiensis" that combines a membrane-integral ammonium transporter domain with a fused histidine kinase. It contains a high-affinity ammonium binding site not present in assimilatory Amt proteins. The levels of phosphorylated histidine in the kinase are coupled to the presence of ammonium, as conformational changes during signal recognition by the Amt module are transduced internally to modulate the kinase activity. The structural analysis of this ammonium sensor by X-ray crystallography and small-angle X-ray-scattering reveals a flexible, bipartite system that recruits a large uptake transporter as a sensory module and modulates its functionality to achieve a mechanistic coupling to a kinase domain in order to trigger downstream signaling events.
リンクNat Commun / PubMed:29323112 / PubMed Central
手法SAS (X-ray synchrotron) / X線回折
解像度1.98 Å
構造データ

SASDCM9:
Ammonium transporter Ks-Amt5 (ammonium sensor/transducer, Ks-Amt5)
手法: SAXS/SANS

SASDCN9: Ks-Amt5-HK (apo) (Ammonium transporter histidine kinase domain, Ks-Amt5-HK)
手法: SAXS/SANS

SASDCP9: Ks-Amt5-HK (+10uM APPCP) (Ammonium transporter histidine kinase domain, Ks-Amt5-HK)
手法: SAXS/SANS

SASDCQ9: Ks-Amt5-HK (+10uM ATP) (Ammonium transporter histidine kinase domain, Ks-Amt5-HK)
手法: SAXS/SANS

SASDCS9: Ammonium transporter Ks-Amt5 (Batch) (ammonium sensor/transducer, Ks-Amt5)
手法: SAXS/SANS

PDB-6eu6:
Sensor Amt Protein
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.98 Å

化合物

ChemComp-MES:
2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / pH緩衝剤*YM

ChemComp-ZDM:
nonyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside / ノニルβ-マルトシド / 可溶化剤*YM

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

ChemComp-NH4:
AMMONIUM ION / アンモニウム

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • Candidatus kuenenia stuttgartiensis (バクテリア)
  • kuenenia stuttgartiensis (バクテリア)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ammonium transporter / Signalling / histidine kinase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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