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Structure paper

タイトルStructural basis of the activation of c-MET receptor.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 12, Issue 1, Page 4074, Year 2021
掲載日2021年7月1日
著者Emiko Uchikawa / Zhiming Chen / Guan-Yu Xiao / Xuewu Zhang / Xiao-Chen Bai /
PubMed 要旨The c-MET receptor is a receptor tyrosine kinase (RTK) that plays essential roles in normal cell development and motility. Aberrant activation of c-MET can lead to both tumors growth and metastatic ...The c-MET receptor is a receptor tyrosine kinase (RTK) that plays essential roles in normal cell development and motility. Aberrant activation of c-MET can lead to both tumors growth and metastatic progression of cancer cells. C-MET can be activated by either hepatocyte growth factor (HGF), or its natural isoform NK1. Here, we report the cryo-EM structures of c-MET/HGF and c-MET/NK1 complexes in the active state. The c-MET/HGF complex structure reveals that, by utilizing two distinct interfaces, one HGF molecule is sufficient to induce a specific dimerization mode of c-MET for receptor activation. The binding of heparin as well as a second HGF to the 2:1 c-MET:HGF complex further stabilize this active conformation. Distinct to HGF, NK1 forms a stable dimer, and bridges two c-METs in a symmetrical manner for activation. Collectively, our studies provide structural insights into the activation mechanisms of c-MET, and reveal how two isoforms of the same ligand use dramatically different mechanisms to activate the receptor.
リンクNat Commun / PubMed:34210960 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.0 - 5.0 Å
構造データ

23919

7mo7

EMDB-23919, PDB-7mo7:
Cryo-EM structure of 2:2 c-MET/HGF holo-complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.8 Å

23920

7mo8

EMDB-23920, PDB-7mo8:
Cryo-EM structure of 1:1 c-MET I/HGF I complex after focused 3D refinement of holo-complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

23921

7mo9

EMDB-23921, PDB-7mo9:
Cryo-EM map of the c-MET II/HGF I/HGF II (K4 and SPH) sub-complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

23922

7moa

EMDB-23922, PDB-7moa:
Cryo-EM structure of the c-MET II/HGF I complex bound with HGF II in a rigid conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.9 Å

23923

7mob

EMDB-23923, PDB-7mob:
Cryo-EM structure of 2:2 c-MET/NK1 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.0 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードSIGNALING PROTEIN / c-MET / HGF / receptor tyrosine kinase (受容体型チロシンキナーゼ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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