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タイトルAtomic structures of an entire contractile injection system in both the extended and contracted states.
ジャーナル・号・ページNat Microbiol, Vol. 4, Issue 11, Page 1885-1894, Year 2019
掲載日2019年8月5日
著者Ambroise Desfosses / Hariprasad Venugopal / Tapan Joshi / Jan Felix / Matthew Jessop / Hyengseop Jeong / Jaekyung Hyun / J Bernard Heymann / Mark R H Hurst / Irina Gutsche / Alok K Mitra /
PubMed 要旨Contractile injection systems are sophisticated multiprotein nanomachines that puncture target cell membranes. Although the number of atomic-resolution insights into contractile bacteriophage tails, ...Contractile injection systems are sophisticated multiprotein nanomachines that puncture target cell membranes. Although the number of atomic-resolution insights into contractile bacteriophage tails, bacterial type six secretion systems and R-pyocins is rapidly increasing, structural information on the contraction of bacterial phage-like protein-translocation structures directed towards eukaryotic hosts is scarce. Here, we characterize the antifeeding prophage AFP from Serratia entomophila by cryo-electron microscopy. We present the high-resolution structure of the entire AFP particle in the extended state, trace 11 protein chains de novo from the apical cap to the needle tip, describe localization variants and perform specific structural comparisons with related systems. We analyse inter-subunit interactions and highlight their universal conservation within contractile injection systems while revealing the specificities of AFP. Furthermore, we provide the structure of the AFP sheath-baseplate complex in a contracted state. This study reveals atomic details of interaction networks that accompany and define the contraction mechanism of toxin-delivery tailocins, offering a comprehensive framework for understanding their mode of action and for their possible adaptation as biocontrol agents.
リンクNat Microbiol / PubMed:31384001 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / EM (らせん対称)
解像度2.8 - 5.4 Å
構造データ

EMDB-4782, PDB-6rao:
Cryo-EM structure of the anti-feeding prophage (AFP) baseplate, 6-fold symmetrised
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-4783:
Composite map of an entire contractile injection device : the anti-feeding prophage (AFP)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-4784, PDB-6rap:
Cryo-EM structure of the anti-feeding prophage cap (AFP tube terminating cap)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-4800, PDB-6rbk:
Cryo-EM structure of the anti-feeding prophage (AFP) baseplate in extended state, 3-fold symmetrised
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-4801:
Cryo-EM structure of the anti-feeding prophage cap (AFP tube terminating cap), ending with Afp3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-4802, PDB-6rbn:
Cryo-EM structure of the anti-feeding prophage (AFP) helical sheath-tube complex in extended state
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-4803, PDB-6rc8:
Cryo-EM structure of the anti-feeding prophage (AFP) helical sheath in contracted state
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-4859:
Cryo-EM structure of the anti-feeding prophage (AFP) sheath-tube in contracted state, C6 symmetrized
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-4871:
Cryo-EM structure of the anti-feeding prophage (AFP) needle from signal-subtracted particles
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-4876, PDB-6rgl:
Cryo-EM structure of the anti-feeding prophage (AFP) baseplate in contracted state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.4 Å

由来
  • serratia entomophila (バクテリア)
キーワードCryoelectron Microscopy (低温電子顕微鏡法) / Prophages / Protein Conformation / Serratia (セラチア属) / Type VI Secretion Systems / Viral Proteins (ウイルス性) / VIRUS LIKE PARTICLE / Anti-feeding prophage / secretion system (分泌) / AFP / contractile / cap / tube terminating protein / baseplate (三脚) / sheath / tube / contracted

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

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関連情報:Omokage検索

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