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タイトルCryo-EM reveals ligand induced allostery underlying InsPR channel gating.
ジャーナル・号・ページCell Res, Vol. 28, Issue 12, Page 1158-1170, Year 2018
掲載日2018年11月23日
著者Guizhen Fan / Mariah R Baker / Zhao Wang / Alexander B Seryshev / Steven J Ludtke / Matthew L Baker / Irina I Serysheva /
PubMed 要旨Inositol-1,4,5-trisphosphate receptors (InsPRs) are cation channels that mobilize Ca from intracellular stores in response to a wide range of cellular stimuli. The paradigm of InsPR activation is the ...Inositol-1,4,5-trisphosphate receptors (InsPRs) are cation channels that mobilize Ca from intracellular stores in response to a wide range of cellular stimuli. The paradigm of InsPR activation is the coupled interplay between binding of InsP and Ca that switches the ion conduction pathway between closed and open states to enable the passage of Ca through the channel. However, the molecular mechanism of how the receptor senses and decodes ligand-binding signals into gating motion remains unknown. Here, we present the electron cryo-microscopy structure of InsPR1 from rat cerebellum determined to 4.1 Å resolution in the presence of activating concentrations of Ca and adenophostin A (AdA), a structural mimetic of InsP and the most potent known agonist of the channel. Comparison with the 3.9 Å-resolution structure of InsPR1 in the Apo-state, also reported herein, reveals the binding arrangement of AdA in the tetrameric channel assembly and striking ligand-induced conformational rearrangements within cytoplasmic domains coupled to the dilation of a hydrophobic constriction at the gate. Together, our results provide critical insights into the mechanistic principles by which ligand-binding allosterically gates InsPR channel.
リンクCell Res / PubMed:30470765 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.9 - 4.3 Å
構造データ

9243

6mu1

EMDB-9243: Structure of full-length IP3R1 channel bound with Adenophostin A (composite)
PDB-6mu1: Structure of full-length IP3R1 channel bound with Adenophostin A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

9244

6mu2

EMDB-9244: Structure of full-length IP3R1 channel in Apo-state (composite)
PDB-6mu2: Structure of full-length IP3R1 channel in the Apo-state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-9245:
Structure of full-length IP3R1 channel in ligand-bound state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-9246:
Structure of full-length IP3R1 channel in Apo-state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-9247:
Structure of full-length IP3R1 channel in ligand-bound state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-9248:
Structure of full-length IP3R1 channel in Apo-state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

化合物

ChemComp-JYP:
Adenophostin A

由来
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
  • Rat (クマネズミ属)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / inositol 1 (イノシトール) / 4 / 5-trisphosphate receptor / calcium release channel / neuronal type 1 / adenophostin A / IP3R-channel activator

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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