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タイトルDevelopment of a universal nanobody-binding Fab module for fiducial-assisted cryo-EM studies of membrane proteins.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 118, Issue 47, Year 2021
掲載日2021年11月23日
著者Joël S Bloch / Somnath Mukherjee / Julia Kowal / Ekaterina V Filippova / Martina Niederer / Els Pardon / Jan Steyaert / Anthony A Kossiakoff / Kaspar P Locher /
PubMed 要旨With conformation-specific nanobodies being used for a wide range of structural, biochemical, and cell biological applications, there is a demand for antigen-binding fragments (Fabs) that ...With conformation-specific nanobodies being used for a wide range of structural, biochemical, and cell biological applications, there is a demand for antigen-binding fragments (Fabs) that specifically and tightly bind these nanobodies without disturbing the nanobody-target protein interaction. Here, we describe the development of a synthetic Fab (termed NabFab) that binds the scaffold of an alpaca-derived nanobody with picomolar affinity. We demonstrate that upon complementary-determining region grafting onto this parent nanobody scaffold, nanobodies recognizing diverse target proteins and derived from llama or camel can cross-react with NabFab without loss of affinity. Using NabFab as a fiducial and size enhancer (50 kDa), we determined the high-resolution cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of nanobody-bound VcNorM and ScaDMT, both small membrane proteins of ∼50 kDa. Using an additional anti-Fab nanobody further facilitated reliable initial three-dimensional structure determination from small cryo-EM test datasets. Given that NabFab is of synthetic origin, is humanized, and can be conveniently expressed in in large amounts, it may be useful not only for structural biology but also for biomedical applications.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:34782475 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度3.19 - 8.45 Å
構造データ

EMDB-13424, PDB-7php:
Structure of Multidrug and Toxin Compound Extrusion (MATE) transporter NorM by NabFab-fiducial assisted cryo-EM
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.47 Å

EMDB-13425:
Map of complex of Vibrio cholerae MATE transporter NorM, chimeric nanobody NorM-Nb17_4, NabFab, and anti-Fab nanobody with fulcrum in center of micelle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.68 Å

EMDB-13426, PDB-7phq:
Structure of homo-dimeric Staphylococcus capitis divalent metal ion transporter (DMT) by NabFab-fiducial assisted cryo-EM
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.45 Å

EMDB-13438, PDB-7pij:
Structure of Staphylococcus capitis divalent metal ion transporter (DMT) by NabFab-fiducial assisted cryo-EM
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.78 Å

PDB-7rth:
Crystal structure of an anti-lysozyme nanobody in complex with an anti-nanobody Fab "NabFab"
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.19 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

ChemComp-PEG:
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル

由来
  • vibrio cholerae rc385 (コレラ菌)
  • synthetic construct (人工物)
  • lama glama (ラマ)
  • staphylococcus capitis (バクテリア)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / NabFab / anti-nanobody Fab / fiducial / NorM / MATE / DMT / IMMUNE SYSTEM / Antigen / FAB / Single-Domain Antibody

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EMN文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2021年10月5日: 温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

  • 2021年のノーベル医学・生理学賞は、温度と触覚の受容体を発見したデビッド・ジュリアスとアーデム・パタポウティアンに共同で授与されました
  • EM Navigatorでは、両先駆者によるクライオEM構造データを見つけることができます

外部リンク:The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2021 - NobelPrize.org / Structure data by Ardem Patapoutian / Structure data by David Julius

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年7月5日: テキストデータのダウンロード

テキストデータのダウンロード

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EM Navigator 検索検索結果CSV, TSV, JSON
EM Navigator 統計情報表データCSV, TSV

関連情報:EMN検索 / EMN統計情報

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EMN文献

3DEM構造データから引用されている文献のデータベース

  • EMDDBとPDBの3次元電子顕微鏡エントリから引用されている文献のデータベースです。
  • PubMedのデータを利用しています。

関連情報:EMDB / PDB / Q: EM Navigatorの情報源は? / EM Navigator / 万見文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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