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タイトルMechanism of membrane-tethered mitochondrial protein synthesis.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 371, Issue 6531, Page 846-849, Year 2021
掲載日2021年2月19日
著者Yuzuru Itoh / Juni Andréll / Austin Choi / Uwe Richter / Priyanka Maiti / Robert B Best / Antoni Barrientos / Brendan J Battersby / Alexey Amunts /
PubMed 要旨Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) are tethered to the mitochondrial inner membrane to facilitate the cotranslational membrane insertion of the synthesized proteins. We report cryo-electron ...Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) are tethered to the mitochondrial inner membrane to facilitate the cotranslational membrane insertion of the synthesized proteins. We report cryo-electron microscopy structures of human mitoribosomes with nascent polypeptide, bound to the insertase oxidase assembly 1-like (OXA1L) through three distinct contact sites. OXA1L binding is correlated with a series of conformational changes in the mitoribosomal large subunit that catalyze the delivery of newly synthesized polypeptides. The mechanism relies on the folding of mL45 inside the exit tunnel, forming two specific constriction sites that would limit helix formation of the nascent chain. A gap is formed between the exit and the membrane, making the newly synthesized proteins accessible. Our data elucidate the basis by which mitoribosomes interact with the OXA1L insertase to couple protein synthesis and membrane delivery.
リンクScience / PubMed:33602856 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.59 - 3.2 Å
構造データ

EMDB-11278, PDB-6zm5:
Human mitochondrial ribosome in complex with OXA1L, mRNA, A/A tRNA, P/P tRNA and nascent polypeptide
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.89 Å

EMDB-11279, PDB-6zm6:
Human mitochondrial ribosome in complex with mRNA, A/A tRNA and P/P tRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.59 Å

EMDB-11280:
Human mitochondrial ribosome in complex with OXA1L, mRNA, A/A tRNA, P/P tRNA and nascent polypeptide, local-masked aligned on CP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-11281:
Human mitochondrial ribosome in complex with OXA1L, mRNA, A/A tRNA, P/P tRNA and nascent polypeptide, local-masked aligned on L10-L7/L12-stalk
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.16 Å

EMDB-11282:
Human mitochondrial ribosome in complex with OXA1L, mRNA, A/A tRNA, P/P tRNA and nascent polypeptide, local-masked aligned on SSU body
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.03 Å

EMDB-11283:
Human mitochondrial ribosome in complex with OXA1L, mRNA, A/A tRNA, P/P tRNA and nascent polypeptide, local-masked aligned on SSU head
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.07 Å

EMDB-11284:
Human mitochondrial ribosome in complex with mRNA, A/A tRNA and P/P tRNA, local-masked aligned on CP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.89 Å

EMDB-11285:
Human mitochondrial ribosome in complex with mRNA, A/A tRNA and P/P tRNA, local-masked aligned on L10-L7/L12-stalk
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.89 Å

EMDB-11286:
Human mitochondrial ribosome in complex with mRNA, A/A tRNA and P/P tRNA, local-masked aligned on SSU body
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.78 Å

EMDB-11287:
Human mitochondrial ribosome in complex with mRNA, A/A tRNA and P/P tRNA, local-masked aligned on SSU head.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.84 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン三リン酸

ChemComp-ALA:
ALANINE / アラニン / アラニン

ChemComp-HOH:
WATER /

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / mitochondrion (ミトコンドリア) / translation (翻訳 (生物学)) / membrane insertion / translocon (トランスロコン) / peptidyl-tRNA (細菌の翻訳) / closed nascent-polypeptide tunnel

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EMN文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2021年10月5日: 温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

  • 2021年のノーベル医学・生理学賞は、温度と触覚の受容体を発見したデビッド・ジュリアスとアーデム・パタポウティアンに共同で授与されました
  • EM Navigatorでは、両先駆者によるクライオEM構造データを見つけることができます

外部リンク:The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2021 - NobelPrize.org / Structure data by Ardem Patapoutian / Structure data by David Julius

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年7月5日: テキストデータのダウンロード

テキストデータのダウンロード

EM Navigatorの以下のサービスのデータが、テキスト形式でダウンロードできるようになりました。ダウンロードしたデータをExcelなどで読み込むことができます。

ページデータフォーマット
EM Navigator 検索検索結果CSV, TSV, JSON
EM Navigator 統計情報表データCSV, TSV

関連情報:EMN検索 / EMN統計情報

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3DEM構造データから引用されている文献のデータベース

  • EMDDBとPDBの3次元電子顕微鏡エントリから引用されている文献のデータベースです。
  • PubMedのデータを利用しています。

関連情報:EMDB / PDB / Q: EM Navigatorの情報源は? / EM Navigator / 万見文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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