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タイトルAtomic structures of an entire contractile injection system in both the extended and contracted states.
ジャーナル・号・ページNat Microbiol, Vol. 4, Issue 11, Page 1885-1894, Year 2019
掲載日2019年8月5日
著者Ambroise Desfosses / Hariprasad Venugopal / Tapan Joshi / Jan Felix / Matthew Jessop / Hyengseop Jeong / Jaekyung Hyun / J Bernard Heymann / Mark R H Hurst / Irina Gutsche / Alok K Mitra /
PubMed 要旨Contractile injection systems are sophisticated multiprotein nanomachines that puncture target cell membranes. Although the number of atomic-resolution insights into contractile bacteriophage tails, ...Contractile injection systems are sophisticated multiprotein nanomachines that puncture target cell membranes. Although the number of atomic-resolution insights into contractile bacteriophage tails, bacterial type six secretion systems and R-pyocins is rapidly increasing, structural information on the contraction of bacterial phage-like protein-translocation structures directed towards eukaryotic hosts is scarce. Here, we characterize the antifeeding prophage AFP from Serratia entomophila by cryo-electron microscopy. We present the high-resolution structure of the entire AFP particle in the extended state, trace 11 protein chains de novo from the apical cap to the needle tip, describe localization variants and perform specific structural comparisons with related systems. We analyse inter-subunit interactions and highlight their universal conservation within contractile injection systems while revealing the specificities of AFP. Furthermore, we provide the structure of the AFP sheath-baseplate complex in a contracted state. This study reveals atomic details of interaction networks that accompany and define the contraction mechanism of toxin-delivery tailocins, offering a comprehensive framework for understanding their mode of action and for their possible adaptation as biocontrol agents.
リンクNat Microbiol / PubMed:31384001 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / EM (らせん対称)
解像度2.8 - 5.4 Å
構造データ

EMDB-4782, PDB-6rao:
Cryo-EM structure of the anti-feeding prophage (AFP) baseplate, 6-fold symmetrised
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-4783:
Composite map of an entire contractile injection device : the anti-feeding prophage (AFP)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-4784, PDB-6rap:
Cryo-EM structure of the anti-feeding prophage cap (AFP tube terminating cap)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-4800, PDB-6rbk:
Cryo-EM structure of the anti-feeding prophage (AFP) baseplate in extended state, 3-fold symmetrised
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-4801:
Cryo-EM structure of the anti-feeding prophage cap (AFP tube terminating cap), ending with Afp3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-4802, PDB-6rbn:
Cryo-EM structure of the anti-feeding prophage (AFP) helical sheath-tube complex in extended state
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-4803, PDB-6rc8:
Cryo-EM structure of the anti-feeding prophage (AFP) helical sheath in contracted state
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-4859:
Cryo-EM structure of the anti-feeding prophage (AFP) sheath-tube in contracted state, C6 symmetrized
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-4871:
Cryo-EM structure of the anti-feeding prophage (AFP) needle from signal-subtracted particles
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-4876, PDB-6rgl:
Cryo-EM structure of the anti-feeding prophage (AFP) baseplate in contracted state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.4 Å

由来
  • serratia entomophila (バクテリア)
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / Anti-feeding prophage / secretion system / AFP / contractile / cap / tube terminating protein / baseplate / sheath / tube / contracted

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EMN文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2021年10月5日: 温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

  • 2021年のノーベル医学・生理学賞は、温度と触覚の受容体を発見したデビッド・ジュリアスとアーデム・パタポウティアンに共同で授与されました
  • EM Navigatorでは、両先駆者によるクライオEM構造データを見つけることができます

外部リンク:The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2021 - NobelPrize.org / Structure data by Ardem Patapoutian / Structure data by David Julius

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年7月5日: テキストデータのダウンロード

テキストデータのダウンロード

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EM Navigator 検索検索結果CSV, TSV, JSON
EM Navigator 統計情報表データCSV, TSV

関連情報:EMN検索 / EMN統計情報

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  • EMDDBとPDBの3次元電子顕微鏡エントリから引用されている文献のデータベースです。
  • PubMedのデータを利用しています。

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