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タイトルStructure of a transcribing RNA polymerase II-DSIF complex reveals a multidentate DNA-RNA clamp.
ジャーナル・号・ページNat. Struct. Mol. Biol., Vol. 24, Issue 10, Page 809-815, Year 2017
掲載日2017年9月11日
著者Carrie Bernecky / Jürgen M Plitzko / Patrick Cramer
External linksPubMed:28892040 / Publisher's page
手法EM (単粒子) / X線回折
分解能1.098 - 3.8 A
構造データ

EMDB-3817:
Structure of an RNA polymerase II-DSIF transcription elongation complex, DSIF-EC3

EMDB-3815:
Structure of an RNA polymerase II-DSIF transcription elongation complex

EMDB-3816:
Structure of an RNA polymerase II-DSIF transcription elongation complex, DSIF-EC2

EMDB-3818:
Structure of an RNA polymerase II-DSIF transcription elongation complex, DSIF-EC4

EMDB-3819:
Structure of an RNA polymerase II-DSIF transcription elongation complex, DSIF-EC5

PDB-5oho:
Crystal structure of the KOWx-KOW4 domain of human DSIF

PDB-5ohq:
Crystal structure of the KOW6-KOW7 domain of human DSIF

PDB-5oik:
Structure of an RNA polymerase II-DSIF transcription elongation complex

化合物

ChemComp-GOL:
GLYCEROL

ChemComp-CL:
CHLORIDE ION

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-NA:
SODIUM ION

ChemComp-ZN:
ZINC ION

ChemComp-MG:
MAGNESIUM ION

由来Bos taurus / 哺乳類 / ウシ /
Homo sapiens / ヒト
Synthetic construct / 人工物
キーワードCryoelectron Microscopy / Crystallography, X-Ray / DNA / Humans / Nuclear Proteins / RNA Polymerase II / SUPT5H protein, human / Transcriptional Elongation Factors / TRANSCRIPTION / RNA polymerase II / transcription elongation

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EMN文献について

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お知らせ

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2017年10月4日: この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました

この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました

  • Jacques Dubochet (University of Lausanne, Switzerland)は、電子顕微鏡試料の氷包埋法(いわゆるクライオ電顕法)を開発しました。EMDBやPDBにある電子顕微鏡のエントリの大多数がこの方法を利用しています。
  • Joachim Frank (Columbia University, New York, USA)は、単粒子解析法を開拓しました。EMDBとPDBの電子顕微鏡エントリの大多数がこの解析法によるものです。また、広く利用されている画像解析ソフトェア「Spider」の開発者でもあります。EM Navigatorでもマップデータの画像作成などにSpiderを利用しています。
  • Richard Henderson (MRC Laboratory of Molecular Biology, Cambridge, UK)は電子顕微鏡による生体分子の立体構造解析の始祖です。電子顕微鏡による最初のPDBエントリであるPDB-1brdは、彼によるものです。

外部リンク: The 2017 Nobel Prize in Chemistry - Press Release

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi) / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

すべてのお知らせ

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EMN文献

3DEM構造データから引用されている文献のデータベース

  • EMDDBとPDBの3次元電子顕微鏡エントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報: EMDB / PDB / Q: EM Navigatorの情報源は? / EM Navigator / 万見文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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