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タイトルStructure of the hibernating Francisella tularensis ribosome and mechanistic insights into its inhibition by antibiotics.
ジャーナル・号・ページNucleic Acids Res, Vol. 54, Issue 8, Year 2026
掲載日2026年4月23日
著者Martin Klima / Jan Silhan / Pavla Pavlik / Kamil Hercik / Evzen Boura /
PubMed 要旨Francisella tularensis is the causative agent of tularemia, a zoonotic disease named after the Tulare County, California. Symptoms include sudden fever, chills, fatigue, and swollen lymph nodes, ...Francisella tularensis is the causative agent of tularemia, a zoonotic disease named after the Tulare County, California. Symptoms include sudden fever, chills, fatigue, and swollen lymph nodes, among others, and without treatment it is very serious or even fatal. In addition, F. tularensis is considered a potential bioterrorism threat due to its high infectivity and lethality. Ribosomes are key targets for many classes of antibiotics. In this study, we examined the F. tularensis ribosome and determined its structure at 2.5Å resolution using cryo-electron microscopy. Notably, we observed the stress-induced ribosome-associated inhibitor A (RaiA) protein bound to the ribosome. RaiA functions as a molecular hibernation factor, inhibiting bacterial translation in response to stress or nutrient deprivation. This mechanism parallels that described in the model organism Escherichia coli and in several pathogenic bacteria, such as Staphylococcus aureus. Furthermore, we solved structures of the antibiotics chloramphenicol and gentamicin bound to the F. tularensis ribosome. Collectively, these results provide structural insights that highlight previously unexplored opportunities for therapeutic intervention.
リンクNucleic Acids Res / PubMed:42049235 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.39 - 2.95 Å
構造データ

54782

9sda

EMDB-54782, PDB-9sda:
Cryo-EM structure of the 70S ribosome from Francisella tularensis bound to a hibernation-promoting factor
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.39 Å

55615

9t6h

EMDB-55615, PDB-9t6h:
Cryo-EM structure of the 70S ribosome from Francisella tularensis bound to antibiotics chloramphenicol and gentamicin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

56659

28nt

EMDB-56659, PDB-28nt:
Cryo-EM structure of the 70S ribosome from Francisella tularensis
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.95 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-LLL:
(2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR

ChemComp-CLM:
CHLORAMPHENICOL / 抗生剤*YM

由来
  • francisella tularensis (バクテリア)
  • Francisella (バクテリア)
キーワードRIBOSOME / cryo-EM / 70S / Francisella / F. tularensis / Cryo-EM structure of the 70S ribosome from Francisella tularensis bound to a hibernation-promoting factor from HPF/YfiA family / Ribosome-associated inhibitor A RaiA Chloramphenicol Gentamicin

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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