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- PDB-9t6h: Cryo-EM structure of the 70S ribosome from Francisella tularensis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9t6h
タイトルCryo-EM structure of the 70S ribosome from Francisella tularensis bound to antibiotics chloramphenicol and gentamicin
要素
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 29
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 20
  • 16S ribosomal RNA
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • Ribosome hibernation promoting factor
キーワードRIBOSOME / Ribosome-associated inhibitor A RaiA Chloramphenicol Gentamicin
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of translational elongation / ribosomal small subunit binding / assembly of large subunit precursor of preribosome / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit assembly / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding ...negative regulation of translational elongation / ribosomal small subunit binding / assembly of large subunit precursor of preribosome / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit assembly / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / translation / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA / Ribosome hibernation promotion factor-like / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L31 type A ...: / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA / Ribosome hibernation promotion factor-like / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / : / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / : / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / L28p-like / Ribosomal protein L16
類似検索 - ドメイン・相同性
CHLORAMPHENICOL / Chem-LLL / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS9 ...CHLORAMPHENICOL / Chem-LLL / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Ribosome hibernation promoting factor / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein bS21B / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL29
類似検索 - 構成要素
生物種Francisella tularensis (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Silhan, J. / Klima, M. / Boura, E.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
Czech Science Foundation チェコ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2026
タイトル: Structure of the hibernating Francisella tularensis ribosome and mechanistic insights into its inhibition by antibiotics.
著者: Martin Klima / Jan Silhan / Pavla Pavlik / Kamil Hercik / Evzen Boura /
要旨: Francisella tularensis is the causative agent of tularemia, a zoonotic disease named after the Tulare County, California. Symptoms include sudden fever, chills, fatigue, and swollen lymph nodes, ...Francisella tularensis is the causative agent of tularemia, a zoonotic disease named after the Tulare County, California. Symptoms include sudden fever, chills, fatigue, and swollen lymph nodes, among others, and without treatment it is very serious or even fatal. In addition, F. tularensis is considered a potential bioterrorism threat due to its high infectivity and lethality. Ribosomes are key targets for many classes of antibiotics. In this study, we examined the F. tularensis ribosome and determined its structure at 2.5Å resolution using cryo-electron microscopy. Notably, we observed the stress-induced ribosome-associated inhibitor A (RaiA) protein bound to the ribosome. RaiA functions as a molecular hibernation factor, inhibiting bacterial translation in response to stress or nutrient deprivation. This mechanism parallels that described in the model organism Escherichia coli and in several pathogenic bacteria, such as Staphylococcus aureus. Furthermore, we solved structures of the antibiotics chloramphenicol and gentamicin bound to the F. tularensis ribosome. Collectively, these results provide structural insights that highlight previously unexplored opportunities for therapeutic intervention.
履歴
登録2025年11月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年5月6日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年5月6日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年5月6日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年5月6日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年5月6日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年5月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.12026年5月20日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 23S ribosomal RNA
B: 5S ribosomal RNA
C: Large ribosomal subunit protein uL2
D: Large ribosomal subunit protein uL3
E: Large ribosomal subunit protein uL4
F: Large ribosomal subunit protein uL5
G: Large ribosomal subunit protein uL6
H: Large ribosomal subunit protein bL9
I: Large ribosomal subunit protein uL13
J: Large ribosomal subunit protein uL14
K: Large ribosomal subunit protein uL15
L: Large ribosomal subunit protein uL16
M: Large ribosomal subunit protein bL17
N: Large ribosomal subunit protein uL18
O: Large ribosomal subunit protein bL19
P: Large ribosomal subunit protein bL20
Q: Large ribosomal subunit protein bL21
R: Large ribosomal subunit protein uL22
S: Large ribosomal subunit protein uL23
T: Large ribosomal subunit protein uL24
U: Large ribosomal subunit protein bL25
V: Large ribosomal subunit protein bL27
W: Large ribosomal subunit protein bL28
X: Large ribosomal subunit protein uL29
Y: Large ribosomal subunit protein uL30
Z: Large ribosomal subunit protein bL31
0: Large ribosomal subunit protein bL32
1: Large ribosomal subunit protein bL33
2: Large ribosomal subunit protein bL34
3: Large ribosomal subunit protein bL35
4: Large ribosomal subunit protein bL36
a: 16S ribosomal RNA
b: Small ribosomal subunit protein uS2
c: Small ribosomal subunit protein uS3
d: Small ribosomal subunit protein uS4
e: Small ribosomal subunit protein uS5
f: Small ribosomal subunit protein bS6
g: Small ribosomal subunit protein uS7
h: Small ribosomal subunit protein uS8
i: Small ribosomal subunit protein uS9
j: Small ribosomal subunit protein uS10
k: Small ribosomal subunit protein uS11
l: Small ribosomal subunit protein uS12
m: Small ribosomal subunit protein uS13
n: Small ribosomal subunit protein uS14
o: Small ribosomal subunit protein uS15
p: Small ribosomal subunit protein bS16
q: Small ribosomal subunit protein uS17
r: Small ribosomal subunit protein bS18
s: Small ribosomal subunit protein uS19
t: Small ribosomal subunit protein bS20
u: Small ribosomal subunit protein bS21B
9: Ribosome hibernation promoting factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,142,067200
ポリマ－2,134,32753
非ポリマー7,740147
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 ABa

#1: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 935337.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: GenBank: 1953470990
#2: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 36996.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア)
#32: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 495164.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: GenBank: 1919226889

+
Large ribosomal subunit protein ... , 29種, 29分子 CDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ01234

#3: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL2 / 50S ribosomal protein L2


分子量: 30469.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: A7N9S9
#4: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL3 / 50S ribosomal protein L3


分子量: 22339.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q14JC0
#5: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL4 / 50S ribosomal protein L4


分子量: 22587.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q14JB9
#6: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL5 / 50S ribosomal protein L5


分子量: 20028.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: A7N9T7
#7: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL6 / 50S ribosomal protein L6


分子量: 19106.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: A7N9U0
#8: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL9 / 50S ribosomal protein L9


分子量: 16107.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: A7NC56
#9: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL13 / 50S ribosomal protein L13


分子量: 15969.677 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q2A332
#10: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL14 / 50S ribosomal protein L14


分子量: 13259.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q14JB0
#11: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL15 / 50S ribosomal protein L15


分子量: 15126.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: A7N9U4
#12: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL16


分子量: 15742.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A0B3VDL9
#13: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL17 / 50S ribosomal protein L17


分子量: 16818.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: A7N9V0
#14: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL18 / 50S ribosomal protein L18


分子量: 13064.138 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q14JA4
#15: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL19 / 50S ribosomal protein L19


分子量: 13334.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: A7NEB0
#16: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL20 / 50S ribosomal protein L20


分子量: 13378.632 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: A7NDB3
#17: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL21 / 50S ribosomal protein L21


分子量: 11585.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: A7NDG2
#18: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL22 / 50S ribosomal protein L22


分子量: 12223.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q14JB5
#19: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23 / 50S ribosomal protein L23


分子量: 11156.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: A7N9S8
#20: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL24 / 50S ribosomal protein L24


分子量: 11498.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: A7N9T6
#21: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL25 / 50S ribosomal protein L25


分子量: 10925.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: A7NBX3
#22: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL27 / 50S ribosomal protein L27


分子量: 9055.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: A7NDG1
#23: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL28 / 50S ribosomal protein L28


分子量: 8960.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q14G26
#24: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL29 / 50S ribosomal protein L29


分子量: 7819.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q2A5G2
#25: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL30 / 50S ribosomal protein L30


分子量: 6884.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q14JA2
#26: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL31 / 50S ribosomal protein L31


分子量: 8284.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q2A2S8
#27: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL32 / 50S ribosomal protein L32


分子量: 6895.780 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: A7NCH9
#28: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL33 / 50S ribosomal protein L33


分子量: 6158.435 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q14G25
#29: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein bL34 / 50S ribosomal protein L34


分子量: 5198.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q14JK5
#30: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL35 / 50S ribosomal protein L35


分子量: 7390.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q14I18
#31: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein bL36 / 50S ribosomal protein L36


分子量: 4437.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q14J99

-
Small ribosomal subunit protein ... , 20種, 20分子 bcdefghijklmnopqrstu

#33: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS2 / 30S ribosomal protein S2


分子量: 24729.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: A7N9R4
#34: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS3 / 30S ribosomal protein S3


分子量: 23338.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q14JB4
#35: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS4 / 30S ribosomal protein S4


分子量: 23148.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q14J96
#36: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS5 / 30S ribosomal protein S5


分子量: 17554.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q2A5F3
#37: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS6 / 30S ribosomal protein S6


分子量: 13075.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q14HF1
#38: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS7 / 30S ribosomal protein S7


分子量: 17844.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q14JC3
#39: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS8 / 30S ribosomal protein S8


分子量: 14431.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: A7N9T9
#40: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS9


分子量: 14764.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A0E2ZLL8
#41: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS10 / 30S ribosomal protein S10


分子量: 11917.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: A7N9S5
#42: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS11 / 30S ribosomal protein S11


分子量: 13786.841 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: A7N9U7
#43: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS12 / 30S ribosomal protein S12


分子量: 13846.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q14JC4
#44: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS13 / 30S ribosomal protein S13


分子量: 13406.733 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q14J98
#45: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS14 / 30S ribosomal protein S14


分子量: 11742.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q14JA7
#46: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS15 / 30S ribosomal protein S15


分子量: 10383.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: A7NDP4
#47: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS16 / 30S ribosomal protein S16


分子量: 9091.747 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: A7NEB3
#48: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS17 / 30S ribosomal protein S17


分子量: 9874.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: A7N9T4
#49: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS18 / 30S ribosomal protein S18


分子量: 8395.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: A7NC55
#50: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS19 / 30S ribosomal protein S19


分子量: 10523.450 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q14JB6
#51: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS20 / 30S ribosomal protein S20


分子量: 10173.040 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: A7N9A3
#52: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS21B / 30S ribosomal protein S21 2


分子量: 7863.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q2A3F5

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タンパク質 , 1種, 1分子 9

#53: タンパク質 Ribosome hibernation promoting factor / Hibernation factor HPF


分子量: 11129.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Francisella tularensis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A4E0P7K7

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非ポリマー , 4種, 147分子

#54: 化合物
ChemComp-LLL / (2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL / GENTAMICIN C1A


分子量: 449.542 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H39N5O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#55: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#56: 化合物 ChemComp-CLM / CHLORAMPHENICOL


分子量: 323.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12Cl2N2O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#57: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 70S Ribosome from Francisella tularensis, combined with antibiotics
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#53 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Francisella (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM HEPES 7.5
試料濃度: 8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.6粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARCCTF補正
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
12cryoSPARC３次元再構成
13PHENIX1.20.1_4487モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 270000 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL
原子モデル構築PDB-ID: 9SDR

9sdr
PDB 未公開エントリ


Accession code: 9SDR / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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