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Structure paper

タイトルStructure and inhibition mechanisms of Mycobacterium tuberculosis essential transporter efflux protein A.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 3139, Year 2025
掲載日2025年4月1日
著者Nitesh Kumar Khandelwal / Meghna Gupta / James E Gomez / Sulyman Barkho / Ziqiang Guan / Ashley Y Eng / Tomohiko Kawate / Sree Ganesh Balasubramani / Andrej Sali / Deborah T Hung / Robert M Stroud /
PubMed 要旨A broad chemical genetic screen in Mycobacterium tuberculosis (Mtb) identified compounds (BRD-8000.3 and BRD-9327) that inhibit the essential efflux pump EfpA. To understand the mechanisms of ...A broad chemical genetic screen in Mycobacterium tuberculosis (Mtb) identified compounds (BRD-8000.3 and BRD-9327) that inhibit the essential efflux pump EfpA. To understand the mechanisms of inhibition, we determined the structures of EfpA with these inhibitors bound at 2.7-3.4 Å resolution. Our structures reveal different mechanisms of inhibition by the two inhibitors. BRD-8000.3 binds in a tunnel contacting the lipid bilayer and extending toward the central cavity to displace the fatty acid chain of a lipid molecule bound in the apo structure, suggesting its blocking of an access route for a natural lipidic substrate. Meanwhile, BRD-9327 binds in the outer vestibule without complete blockade of the substrate path to the outside, suggesting its possible inhibition of the movement necessary for alternate access of the transporter. Our results show EfpA as a potential lipid transporter, explain the basis of the synergy of these inhibitors and their potential for combination anti-tuberculosis therapy.
リンクNat Commun / PubMed:40169593 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.7 - 3.45 Å
構造データ

44591

9bii

EMDB-44591, PDB-9bii:
Mycobacterium tuberculosis EFPA antiparallel dimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

44594

9bin

EMDB-44594, PDB-9bin:
BRD-8000.3 bound EFPA transporter of Mycobacterium tuberculosis
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.45 Å

44598

9biq

EMDB-44598, PDB-9biq:
BRD-9327 bound EFPA transporter of Mycobacterium tuberculosis
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

44651

9bl7

EMDB-44651, PDB-9bl7:
Mycobacterium tuberculosis efpA parallel dimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.22 Å

化合物

PDB-1h2v:
Structure of the human nuclear cap-binding-complex (CBC)

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

PDB-1aqr:
CU-METALLOTHIONEIN FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE

PDB-1apn:
THE CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF METAL-FREE CONCANAVALIN A AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION

PDB-1atg:
AZOTOBACTER VINELANDII PERIPLASMIC MOLYBDATE-BINDING PROTEIN

由来
  • Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
  • mycobacterium tuberculosis h37rv (結核菌)
  • Mycobacterium (バクテリア)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / transporter

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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