PDB-9bii: Mycobacterium tuberculosis EFPA antiparallel dimer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bii

タイトル

Mycobacterium tuberculosis EFPA antiparallel dimer

要素

Uncharacterized MFS-type transporter EfpA

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / transporter

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane transporter activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Khandelwal, N.K. / Gupta, M. / Stroud, R.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mycobacterium tuberculosis EFPA antiparallel dimer
著者: Khandelwal, N.K. / Gupta, M. / Stroud, R.M.

履歴

登録	2024年4月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年2月5日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年2月5日	Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年2月5日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年2月5日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年2月5日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年2月5日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年2月5日	Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年2月5日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月28日	Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.1	2025年5月28日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bii.cif.gz	360.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bii.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bii.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/9bii ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/9bii	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	44591MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (5) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Uncharacterized MFS-type transporter EfpA

B: Uncharacterized MFS-type transporter EfpA

ヘテロ分子

139 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Uncharacterized MFS-type transporter EfpA / Efflux protein A 分子量: 66602.242 Da / 分子数: 2 / 変異: P171R / 由来タイプ: 組換発現詳細: Amino acid 1-4 start codon and GSSG linker, Amnio acid 5- 12 Flag tag, Amnio acid 13-15 SGS linker, Amino acid 16-21 thrombin site, Amino acid 22-128 BRIL-Tag, Amino acid 129-610 ...詳細: Amino acid 1-4 start codon and GSSG linker, Amnio acid 5- 12 Flag tag, Amnio acid 13-15 SGS linker, Amino acid 16-21 thrombin site, Amino acid 22-128 BRIL-Tag, Amino acid 129-610 Mycobacterium tuberculosis EfpA (truncated from 48 N terminal amino acid) with mutation of Proline at position 171 to Arginine, Amino acid 611-612 SS linker, Amino acid 613-619 TEV site, Amino acid 620-629 10XHis. 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: efpA, Rv2846c / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WJY5
#2: 化合物	ChemComp-A1H2V / [(2~{R})-3-[[(2~{R})-2,3-bis(oxidanyl)propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-hexadecanoyloxy-propyl] octadecanoate / (2R,3S,4R,5R,6R)-6-((1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-DIAMINO-2,3-DIHYDROXYCYCLOHEXYLOXY)-5-AMINO-2-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRA N-3,4-DIOL / NEOMYCIN A / NEAMINE / (1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-2,3-dihydroxycyclohexyl 2,6-diamino-2,6-dideoxy-alpha-D-glucoside / (1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-2,3-dihydroxycyclohexyl 2,6-diamino-2,6-dideoxy-D-glucoside / (1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-2,3-dihydroxycyclohexyl 2,6-diamino-2,6-dideoxy-glucoside 分子量: 751.023 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₇₉O₁₀P
#3: 化合物	ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト分子量: 486.726 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₅₀O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: EfpA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT

分子量

値: 0.06653956 MDa / 実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 株: H37Rv

由来(組換発現)

生物種:

Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21

緩衝液

pH: 7.5 / 詳細: 50mM Tris-HCL, 300 mM NaCL, 0.02% GDN, 0.002 %CHS

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	300 mM	Sodium chloride	NaCl	1
2	50 mM	Tris	Tris	1

試料

濃度: 16.16 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

試料支持

詳細: 30 second hold 30 second glow / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: OTHER / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN
撮影	電子線照射量: 45 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 16938

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	cryoSPARC	v4.2.1	粒子像選択
2	SerialEM	v4.1 beta software	画像取得
4	cryoSPARC	v4.2.1	CTF補正
9	PHENIX		モデル精密化
11	cryoSPARC	v4.2.1	最終オイラー角割当
12	cryoSPARC	v4.2.1	分類
13	cryoSPARC	v4.2.1	３次元再構成

CTF補正

タイプ: NONE

粒子像の選択

選択した粒子像数: 10225285

3次元再構成

解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 256203 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: AB INITIO MODEL

原子モデル構築

Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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