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タイトルStructures of complete extracellular receptor assemblies mediated by IL-12 and IL-23.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 31, Issue 4, Page 591-597, Year 2024
掲載日2024年1月29日
著者Yehudi Bloch / Jan Felix / Romain Merceron / Mathias Provost / Royan Alipour Symakani / Robin De Backer / Elisabeth Lambert / Ahmad R Mehdipour / Savvas N Savvides /
PubMed 要旨Cell-surface receptor complexes mediated by pro-inflammatory interleukin (IL)-12 and IL-23, both validated therapeutic targets, are incompletely understood due to the lack of structural insights into ...Cell-surface receptor complexes mediated by pro-inflammatory interleukin (IL)-12 and IL-23, both validated therapeutic targets, are incompletely understood due to the lack of structural insights into their complete extracellular assemblies. Furthermore, there is a paucity of structural details describing the IL-12-receptor interaction interfaces, in contrast to IL-23-receptor complexes. Here we report structures of fully assembled mouse IL-12/human IL-23-receptor complexes comprising the complete extracellular segments of the cognate receptors determined by electron cryo-microscopy. The structures reveal key commonalities but also surprisingly diverse features. Most notably, whereas IL-12 and IL-23 both utilize a conspicuously presented aromatic residue on their α-subunit as a hotspot to interact with the N-terminal Ig domain of their high-affinity receptors, only IL-12 juxtaposes receptor domains proximal to the cell membrane. Collectively, our findings will help to complete our understanding of cytokine-mediated assemblies of tall cytokine receptors and will enable a cytokine-specific interrogation of IL-12/IL-23 signaling in physiology and disease.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:38287195
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2 - 6.7 Å
構造データ

EMDB-16820, PDB-8odz:
Cryo-EM structure of a pre-dimerized murine IL-12 complete extracellular signaling complex (Class 1).
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-16821, PDB-8oe0:
Cryo-EM structure of a pre-dimerized murine IL-12 complete extracellular signaling complex (Class 2).
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-16822: Cryo-EM structure of the murine IL-12 complete extracellular signaling complex (Class 1).
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.6 Å

EMDB-16823: Cryo-EM structure of the murine IL-12 complete extracellular signaling complex (Class 2).
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.7 Å

EMDB-16824, PDB-8oe4:
Cryo-EM structure of a pre-dimerized human IL-23 complete extracellular signaling complex.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-17580, PDB-8pb1:
Cryo-EM structure of a pre-dimerized murine IL-12 complete extracellular signaling complex (Class 1), obtained after local refinement.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

PDB-8c7m:
Interleukin 12 receptor subunit beta-1 Fn domains in complex with antagonistic FAb fragment.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.56 Å

PDB-8cr5:
Murine Interleukin-12 receptor beta 1 domain 1 in complex with murine Interleukin-12 beta.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.15 Å

PDB-8cr6:
mouse Interleukin-12
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.85 Å

PDB-8cr8:
human Interleukin-23
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0 Å

PDB-8odx:
Interleukin 12 receptor subunit beta-1 Fn domains in complex with antagonistic FAb4 fragment and VHH.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 4.4 Å

PDB-8ppm:
IL-12Rb1 neutralizing Fab4, crystal kappa variant
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.03 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-TB:
TERBIUM(III) ION

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • homo sapiens (ヒト)
  • homo sapiens x mus musculus hybrid cell line (ヒト)
  • lama glama (ラマ)
キーワードCYTOKINE / receptor / antagonist / antibody / complex / inflammation / glycoprotein / immunity / heterodimer / EXTRACELLULAR / FIBRONECTIN TYPE III / fibronectin / SIGNALING PROTEIN / IMMUNOSUPPRESSANT / Fab fragment / designed crystal contact

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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