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Structure paper

タイトルStructural architecture of the acidic region of the B domain of coagulation factor V.
ジャーナル・号・ページJ Thromb Haemost, Vol. 22, Issue 3, Page 709-714, Year 2024
掲載日2023年11月23日
著者Bassem M Mohammed / Katherine Basore / Brock Summers / Leslie A Pelc / Enrico Di Cera /
PubMed 要旨BACKGROUND: Coagulation factor (F)V features an A1-A2-B-A3-C1-C2 domain organization and functions as the inactive precursor of FVa, a component of the prothrombinase complex required for rapid ...BACKGROUND: Coagulation factor (F)V features an A1-A2-B-A3-C1-C2 domain organization and functions as the inactive precursor of FVa, a component of the prothrombinase complex required for rapid thrombin generation in the penultimate step of the coagulation cascade. An intramolecular interaction within the large B domain (residues 710-1545) involves the basic region (BR, residues 963-1008) and acidic region (AR, residues 1493-1537) and locks FV in its inactive state. However, structural information on this important regulatory interaction or on the separate architecture of the AR and BR remains elusive due to conformational disorder of the B domain.
OBJECTIVES: To reveal the structure of the BR-AR interaction or of its separate components.
手法: The structure of FV is solved by cryogenic electron microscopy.
RESULTS: A new 3.05 Å resolution cryogenic electron microscopy structure of FV confirms the overall organization of the A and C domains but resolves the segment 1507 to 1545 within a largely disordered B domain. The segment contains most of the AR and is organized as recently reported in FV short, a spliced variant of FV with a significantly shorter and less disordered B domain.
CONCLUSION: The similar architecture of the AR in FV and FV short provides structural context for physiologically important interactions of this region with the BR in FV and with the basic C-terminal end of tissue factor pathway inhibitor α in FV short.
リンクJ Thromb Haemost / PubMed:38007061 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.05 - 3.24 Å
構造データ

EMDB-41400: Structural architecture of the acidic region of the B domain of coagulation factor V
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.05 Å

EMDB-41401: Structural architecture of the acidic region of the B domain of coagulation factor V
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.09 Å

EMDB-41402: Structural architecture of the acidic region of the B domain of coagulation factor V
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.09 Å

EMDB-41403: Structural architecture of the acidic region of the B domain of coagulation factor V
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.08 Å

EMDB-41407: Structural architecture of the acidic region of the B domain of coagulation factor V
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.14 Å

EMDB-41408: Structural architecture of the acidic region of the B domain of coagulation factor V
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.24 Å

41411

8tn9

EMDB-41411, PDB-8tn9:
Structural architecture of the acidic region of the B domain of coagulation factor V
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.05 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードBLOOD CLOTTING / Coagulation / Pro-cofactor / Factor V / B Domain / Acidic Region

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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