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タイトルSpecific binding of GPR174 by endogenous lysophosphatidylserine leads to high constitutive G signaling.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 5901, Year 2023
掲載日2023年9月22日
著者Yingying Nie / Zeming Qiu / Sijia Chen / Zhao Chen / Xiaocui Song / Yan Ma / Niu Huang / Jason G Cyster / Sanduo Zheng /
PubMed 要旨Many orphan G protein-coupled receptors (GPCRs) remain understudied because their endogenous ligands are unknown. Here, we show that a group of class A/rhodopsin-like orphan GPCRs including GPR61, ...Many orphan G protein-coupled receptors (GPCRs) remain understudied because their endogenous ligands are unknown. Here, we show that a group of class A/rhodopsin-like orphan GPCRs including GPR61, GPR161 and GPR174 increase the cAMP level similarly to fully activated D1 dopamine receptor (D1R). We report cryo-electron microscopy structures of the GPR61‒G, GPR161‒G and GPR174‒G complexes without any exogenous ligands. The GPR174 structure reveals that endogenous lysophosphatidylserine (lysoPS) is copurified. While GPR174 fails to respond to exogenous lysoPS, likely owing to its maximal activation by the endogenous ligand, GPR174 mutants with lower ligand binding affinities can be specifically activated by lysoPS but not other lipids, in a dose-dependent manner. Moreover, GPR174 adopts a non-canonical G coupling mode. The structures of GPR161 and GPR61 reveal that the second extracellular loop (ECL2) penetrates into the orthosteric pocket, possibly contributing to constitutive activity. Our work definitively confirms lysoPS as an endogenous GPR174 ligand and suggests that high constitutive activity of some orphan GPCRs could be accounted for by their having naturally abundant ligands.
リンクNat Commun / PubMed:37737235 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.83 - 3.16 Å
構造データ

37224

8kgk

EMDB-37224, PDB-8kgk:
Cryo-EM structure of the GPR61-Gs complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.16 Å

37236

8kh4

EMDB-37236, PDB-8kh4:
Cryo-EM structure of the GPR161-Gs complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

37237

8kh5

EMDB-37237, PDB-8kh5:
Cryo-EM structure of the GPR174-Gs complex bound to endogenous lysoPS
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.83 Å

化合物

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

ChemComp-LPS:
O-{HYDROXY[((2R)-2-HYDROXY-3-{[(1S)-1-HYDROXYPENTADECYL]OXY}PROPYL)OXY]PHOSPHORYL}-L-SERINE

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • lama glama (ラマ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / Gs

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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