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タイトルStructural basis of FPR2 in recognition of Aβ and neuroprotection by humanin.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 1775, Year 2022
掲載日2022年4月1日
著者Ya Zhu / Xiaowen Lin / Xin Zong / Shuo Han / Mu Wang / Yuxuan Su / Limin Ma / Xiaojing Chu / Cuiying Yi / Qiang Zhao / Beili Wu /
PubMed 要旨Formyl peptide receptor 2 (FPR2) has been shown to mediate the cytotoxic effects of the β amyloid peptide Aβ and serves as a receptor for humanin, a peptide that protects neuronal cells from damage ...Formyl peptide receptor 2 (FPR2) has been shown to mediate the cytotoxic effects of the β amyloid peptide Aβ and serves as a receptor for humanin, a peptide that protects neuronal cells from damage by Aβ, implying its involvement in the pathogenesis of Alzheimer's disease (AD). However, the interaction pattern between FPR2 and Aβ or humanin remains unknown. Here we report the structures of FPR2 bound to G and Aβ or N-formyl humanin (fHN). Combined with functional data, the structures reveal two critical regions that govern recognition and activity of Aβ and fHN, including a polar binding cavity within the receptor helical bundle and a hydrophobic binding groove in the extracellular region. In addition, the structures of FPR2 and FPR1 in complex with different formyl peptides were determined, providing insights into ligand recognition and selectivity of the FPR family. These findings uncover key factors that define the functionality of FPR2 in AD and other inflammatory diseases and would enable drug development.
リンクNat Commun / PubMed:35365641 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.8 - 3.3 Å
構造データ

32858

7wvu

EMDB-32858, PDB-7wvu:
Cryo-EM structure of the human formyl peptide receptor 1 in complex with fMLF and Gi1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

32859

7wvv

EMDB-32859, PDB-7wvv:
Cryo-EM structure of the human formyl peptide receptor 2 in complex with fMLFII and Gi2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

32860

7wvw

EMDB-32860, PDB-7wvw:
Cryo-EM structure of the human formyl peptide receptor 2 in complex with fMYFINILTL and Gi2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

32861

7wvx

EMDB-32861, PDB-7wvx:
Cryo-EM structure of the human formyl peptide receptor 2 in complex with fhumanin and Gi2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

32862

7wvy

EMDB-32862, PDB-7wvy:
Cryo-EM structure of the human formyl peptide receptor 2 in complex with Abeta42 and Gi2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードSIGNALING PROTEIN / G protein-coupled receptor / formyl peptide receptor / FPR1 / fMLF / FPR2 / fMLFII / fMYFINILTL / humanin / Abeta42

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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