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タイトルControlling the SARS-CoV-2 spike glycoprotein conformation.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 27, Issue 10, Page 925-933, Year 2020
掲載日2020年7月22日
著者Rory Henderson / Robert J Edwards / Katayoun Mansouri / Katarzyna Janowska / Victoria Stalls / Sophie M C Gobeil / Megan Kopp / Dapeng Li / Rob Parks / Allen L Hsu / Mario J Borgnia / Barton F Haynes / Priyamvada Acharya /
PubMed 要旨The coronavirus (CoV) spike (S) protein, involved in viral-host cell fusion, is the primary immunogenic target for virus neutralization and the current focus of many vaccine design efforts. The ...The coronavirus (CoV) spike (S) protein, involved in viral-host cell fusion, is the primary immunogenic target for virus neutralization and the current focus of many vaccine design efforts. The highly flexible S-protein, with its mobile domains, presents a moving target to the immune system. Here, to better understand S-protein mobility, we implemented a structure-based vector analysis of available β-CoV S-protein structures. Despite an overall similarity in domain organization, we found that S-proteins from different β-CoVs display distinct configurations. Based on this analysis, we developed two soluble ectodomain constructs for the SARS-CoV-2 S-protein, in which the highly immunogenic and mobile receptor binding domain (RBD) is either locked in the all-RBDs 'down' position or adopts 'up' state conformations more readily than the wild-type S-protein. These results demonstrate that the conformation of the S-protein can be controlled via rational design and can provide a framework for the development of engineered CoV S-proteins for vaccine applications.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:32699321 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.7 - 12.06 Å
構造データ

21997

6x29

EMDB-21997, PDB-6x29:
SARS-CoV-2 rS2d Down State Spike Protein Trimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

21999

6x2a

EMDB-21999: SARS-CoV-2 u1S2q 1 Up RBD Spike Protein Trimer
PDB-6x2a: SARS-CoV-2 u1S2q 1-RBD Up Spike Protein Trimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

22000

6x2b

EMDB-22000: SARS-CoV-2 u1S2q 2 RBD Up Spike Protein Trimer
PDB-6x2b: SARS-CoV-2 u1S2q 2-RBD Up Spike Protein Trimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

22001

6x2c

EMDB-22001, PDB-6x2c:
SARS-CoV-2 u1S2q All Down RBD State Spike Protein Trimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-22809:
SARS-CoV-2 rS2d RBD-Down State Spike Protein Trimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.06 Å

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / Trimer

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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