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万見
- EMDB-22809: SARS-CoV-2 rS2d RBD-Down State Spike Protein Trimer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22809
タイトルSARS-CoV-2 rS2d RBD-Down State Spike Protein Trimer
マップデータSharpened and filtered map
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 rS2d Down State Spike Protein Trimer
    • タンパク質・ペプチド: SARS-CoV-2 rS2d Down State Spike Protein Trimer
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 12.06 Å
データ登録者Edwards RJ / Mansouri K
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI145687 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020
タイトル: Controlling the SARS-CoV-2 spike glycoprotein conformation.
著者: Rory Henderson / Robert J Edwards / Katayoun Mansouri / Katarzyna Janowska / Victoria Stalls / Sophie M C Gobeil / Megan Kopp / Dapeng Li / Rob Parks / Allen L Hsu / Mario J Borgnia / Barton ...著者: Rory Henderson / Robert J Edwards / Katayoun Mansouri / Katarzyna Janowska / Victoria Stalls / Sophie M C Gobeil / Megan Kopp / Dapeng Li / Rob Parks / Allen L Hsu / Mario J Borgnia / Barton F Haynes / Priyamvada Acharya /
要旨: The coronavirus (CoV) spike (S) protein, involved in viral-host cell fusion, is the primary immunogenic target for virus neutralization and the current focus of many vaccine design efforts. The ...The coronavirus (CoV) spike (S) protein, involved in viral-host cell fusion, is the primary immunogenic target for virus neutralization and the current focus of many vaccine design efforts. The highly flexible S-protein, with its mobile domains, presents a moving target to the immune system. Here, to better understand S-protein mobility, we implemented a structure-based vector analysis of available β-CoV S-protein structures. Despite an overall similarity in domain organization, we found that S-proteins from different β-CoVs display distinct configurations. Based on this analysis, we developed two soluble ectodomain constructs for the SARS-CoV-2 S-protein, in which the highly immunogenic and mobile receptor binding domain (RBD) is either locked in the all-RBDs 'down' position or adopts 'up' state conformations more readily than the wild-type S-protein. These results demonstrate that the conformation of the S-protein can be controlled via rational design and can provide a framework for the development of engineered CoV S-proteins for vaccine applications.
履歴
登録2020年10月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月14日-
マップ公開2020年10月14日-
更新2020年10月21日-
現状2020年10月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22809.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22809.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened and filtered map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.02 Å/pix.
x 96 pix.
= 385.92 Å		4.02 Å/pix.
x 96 pix.
= 385.92 Å		4.02 Å/pix.
x 96 pix.
= 385.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.02 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.11219442 - 0.17463996
平均 (標準偏差)0.00001240802 (±0.011519326)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 385.91998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.024.024.02
M x/y/z969696
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z385.920385.920385.920
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ304304304
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS969696
D min/max/mean-0.1120.1750.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_22809_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_22809_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map 1

ファイルemd_22809_half_map_1.map
注釈half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map 2

ファイルemd_22809_half_map_2.map
注釈half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 rS2d Down State Spike Protein Trimer

全体名称: SARS-CoV-2 rS2d Down State Spike Protein Trimer
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 rS2d Down State Spike Protein Trimer
    • タンパク質・ペプチド: SARS-CoV-2 rS2d Down State Spike Protein Trimer

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超分子 #1: SARS-CoV-2 rS2d Down State Spike Protein Trimer

超分子名称: SARS-CoV-2 rS2d Down State Spike Protein Trimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: 293F / 組換プラスミド: p-alpha-H
分子量理論値: 481.8 KDa

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分子 #1: SARS-CoV-2 rS2d Down State Spike Protein Trimer

分子名称: SARS-CoV-2 rS2d Down State Spike Protein Trimer / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: VNLTTRTQLP PAYTNSFTRG VYYPDKVFRS SVLHSTQDLF LPFFSNVTWF HAIHVSGTNG TKRFDNPVLP FNDGVYFAST EKSNIIRGWI FGTTLDSKTQ SLLIVNNATN VVIKVCEFQF CNDPFLGVYY HKNNKSWMES EFRVYSSANN CTFEYVSQPF LMDLEGKQGN ...文字列:
VNLTTRTQLP PAYTNSFTRG VYYPDKVFRS SVLHSTQDLF LPFFSNVTWF HAIHVSGTNG TKRFDNPVLP FNDGVYFAST EKSNIIRGWI FGTTLDSKTQ SLLIVNNATN VVIKVCEFQF CNDPFLGVYY HKNNKSWMES EFRVYSSANN CTFEYVSQPF LMDLEGKQGN FKNLREFVFK NIDGYFKIYS KHTPINLVRD LPQGFSALEP LVDLPIGINI TRFQTLLALH RSYLTPGDSS SGWTAGAAAY YVGYLQPRTF LLKYNENGTI TDAVDCALDP LSETKCTLKS FTVEKGIYQT SNFRVQPTES IVRFPNITNL CPFGEVFNAT RFASVYAWNR KRISNCVADY SVLYNSASFS TFKCYGVCPT KLNDLCFTNV YADSFVIRGD EVRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYLYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSTPCNGVEG FNCYFPLQSY GFQPTNGVGY QPYRVVVLSF ELLHAPATVC GPKKSTNLVK NKCVNFNFNG LTGTGVLTES NKKFLPFQQF GRDIADTTDA VRDPQTLEIL DITPCSFGGV SVITPGTNTS NQVAVLYQDV NCTEVPVAIH ADQLTPTWRV YSTGSNVFQT RAGCLIGAEH VNNSYECDIP IGAGICASYQ TQTNSPGSAS SVASQSIIAY TMSLGAENSV AYSNNSIAIP TNFTISVTTE ILPVSMTKTS VDCTMYICGD STECSNLLLQ YGSFCTQLNR ALTGIAVEQD KNTQEVFAQV KQIYKTPPIK DFGGFNFSQI LPDPSKPSKR SFIEDLLFNK VTLADAGFIK QYGDCLGDIA ARDLICAQKF NGLTVLPPLL TDEMIAQYTS ALLAGTITSG WTFGAGAALQ IPFAMQMAYR FNGIGVTQNV LYENQKLIAN QFNSAIGKIQ DSLSSTASAL GKLQDVVNQN AQALNTLVKQ LSSNFGAISS VLNDILSRLC PPEAEVQIDR LITGRLQSLQ TYVTQQLIRA AEIRASANLA ATKMSECVLG QSKRVDFCGK GYHLMSFPQS APHGVVFLHV TYVPAQEKNF TTAPAICHDG KAHFPREGVF VSNGTHWFVT QRNFYEPQII TTDNTFVSGN CDVVIGIVNN TVYDPLQPEL DSFKEELDKY FKNHTSPDVD LGDISGINAS VVNIQKEIDR LNEVAKNLNE SLIDLQELGK YEQGSGYIPE APRDGQAYVR KDGEWVLLST FLGRSLEVLF QGPGHHHHHH HHSAWSHPQF EKGGGSGGGG SGGSAWSHPQ FEK

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMHEPES buffer
5.0 g/dLglycerol
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate
詳細: Samples were diluted to 0.1 mg/mL in 20 mM HEPES buffer, pH 7.4, with 5% glycerol, 150 mM NaCl, and 7.5 mM glutaraldehyde. After 5 minute incubation at room temperature, sufficient 1 M Tris ...詳細: Samples were diluted to 0.1 mg/mL in 20 mM HEPES buffer, pH 7.4, with 5% glycerol, 150 mM NaCl, and 7.5 mM glutaraldehyde. After 5 minute incubation at room temperature, sufficient 1 M Tris stock, pH 7.4, was added to a final concentration of 75 mM Tris to quench unreacted glutaraldehyde, and was then incubated 5 minutes. Sample was then applied to a carbon film over 400 mesh copper EM grids that had been glow-discharged, incubated 1 minute, and then stained with 2% uranyl formate.
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 0.05 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS EM420
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 33.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 437 / 平均露光時間: 0.5 sec. / 平均電子線量: 32.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm / 倍率（公称値）: 82000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1.8)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6vsb


詳細: Map of PDB 6VSB was generated within Chimera using the molmap function at 15 Angstrom resolution and 4.02 Angstrom grid spacing. This map was low-pass filtered to 60 Angstrom before initiating refinements.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 45400
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 20000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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