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タイトルCryo-EM structure of the human heteromeric amino acid transporter bAT-rBAT.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 6, Issue 16, Page eaay6379, Year 2020
掲載日2020年4月15日
著者Renhong Yan / Yaning Li / Yi Shi / Jiayao Zhou / Jianlin Lei / Jing Huang / Qiang Zhou /
PubMed 要旨Heteromeric amino acid transporters (HATs) catalyze the transmembrane movement of amino acids, comprising two subunits, a heavy chain and a light chain, linked by a disulfide bridge. The bAT (SLC7A9) ...Heteromeric amino acid transporters (HATs) catalyze the transmembrane movement of amino acids, comprising two subunits, a heavy chain and a light chain, linked by a disulfide bridge. The bAT (SLC7A9) is a representative light chain of HATs, forming heterodimer with rBAT, a heavy chain which mediates the membrane trafficking of bAT. The bAT-rBAT complex is an obligatory exchanger, which mediates the influx of cystine and cationic amino acids and the efflux of neutral amino acids in kidney and small intestine. Here, we report the cryo-EM structure of the human bAT-rBAT complex alone and in complex with arginine substrate at resolution of 2.7 and 2.3 Å, respectively. The overall structure of bAT-rBAT exists as a dimer of heterodimer consistent with the previous study. A ligand molecule is bound to the substrate binding pocket, near which an occluded pocket is identified, to which we found that it is important for substrate transport.
リンクSci Adv / PubMed:32494597 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.3 - 2.9 Å
構造データ

0903

6li9

EMDB-0903, PDB-6li9:
Heteromeric amino acid transporter b0,+AT-rBAT complex bound with Arginine
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

0904

6lid

EMDB-0904, PDB-6lid:
Heteromeric amino acid transporter b0,+AT-rBAT complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-0905:
cryo EM map of b0,+AT-rBAT complex, focused refined on soluble domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

EMDB-0906:
Cryo EM map of b0,+AT-rBAT complex, focused refined on TM domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-0907:
Cryo EM map of b0,+AT-rBAT complex bound with Arginine, focused refined on soluble domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

EMDB-0908:
Cryo EM map of b0,+ AT-rBAT complex bound with Arginine, focused refined on TM domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-ARG:
ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン

ChemComp-3PH:
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / ジステアロイルホスファチジン酸

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / transporter

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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