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タイトルAsymmetric Molecular Architecture of the Human γ-Tubulin Ring Complex.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 180, Issue 1, Page 165-175.e16, Year 2020
掲載日2020年1月9日
著者Michal Wieczorek / Linas Urnavicius / Shih-Chieh Ti / Kelly R Molloy / Brian T Chait / Tarun M Kapoor /
PubMed 要旨The γ-tubulin ring complex (γ-TuRC) is an essential regulator of centrosomal and acentrosomal microtubule formation, yet its structure is not known. Here, we present a cryo-EM reconstruction of the ...The γ-tubulin ring complex (γ-TuRC) is an essential regulator of centrosomal and acentrosomal microtubule formation, yet its structure is not known. Here, we present a cryo-EM reconstruction of the native human γ-TuRC at ∼3.8 Å resolution, revealing an asymmetric, cone-shaped structure. Pseudo-atomic models indicate that GCP4, GCP5, and GCP6 form distinct Y-shaped assemblies that structurally mimic GCP2/GCP3 subcomplexes distal to the γ-TuRC "seam." We also identify an unanticipated structural bridge that includes an actin-like protein and spans the γ-TuRC lumen. Despite its asymmetric architecture, the γ-TuRC arranges γ-tubulins into a helical geometry poised to nucleate microtubules. Diversity in the γ-TuRC subunits introduces large (>100,000 Å) surfaces in the complex that allow for interactions with different regulatory factors. The observed compositional complexity of the γ-TuRC could self-regulate its assembly into a cone-shaped structure to control microtubule formation across diverse contexts, e.g., within biological condensates or alongside existing filaments.
リンクCell / PubMed:31862189 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.4 - 6.6 Å
構造データ

EMDB-21054, PDB-6v5v:
Structure of gamma-tubulin in the native human gamma-tubulin ring complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-21060, PDB-6v69:
Structures of GCP4 and GCP5 in the native human gamma-tubulin ring complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-21063:
Density map surrounding actin-like protein in reconstruction of the native gamma-tubulin ring complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-21067, PDB-6v6b:
Structures of GCP2 and GCP3 in the native human gamma-tubulin ring complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-21068, PDB-6v6c:
Structure of GCP6 in the native human gamma-tubulin ring complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-21069:
Desnity map of lumenal bridge in reconstruction of the native human gamma-tubulin ring complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-21070:
Density map for overlap region in reconstruction of native human gamma-tubulin ring complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.6 Å

EMDB-21073, PDB-6v6s:
Structure of the native human gamma-tubulin ring complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-21074:
Overall density map of the native human gamma-tubulin ring complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

化合物

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Tubulin / gamma-tubulin / gamma-tubulin ring complex / gTuRC / g-TuRC / microtubule / microtubule nucleation / single particle cryo-EM structure / GCP / GCP4 / GCP5 / GCP2 / GCP3 / gamma-TuSC / gTuSC / GCP6

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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