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タイトルA general mechanism of ribosome dimerization revealed by single-particle cryo-electron microscopy.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 8, Issue 1, Page 722, Year 2017
掲載日2017年9月28日
著者Linda E Franken / Gert T Oostergetel / Tjaard Pijning / Pranav Puri / Valentina Arkhipova / Egbert J Boekema / Bert Poolman / Albert Guskov /
PubMed 要旨Bacteria downregulate their ribosomal activity through dimerization of 70S ribosomes, yielding inactive 100S complexes. In Escherichia coli, dimerization is mediated by the hibernation promotion ...Bacteria downregulate their ribosomal activity through dimerization of 70S ribosomes, yielding inactive 100S complexes. In Escherichia coli, dimerization is mediated by the hibernation promotion factor (HPF) and ribosome modulation factor. Here we report the cryo-electron microscopy study on 100S ribosomes from Lactococcus lactis and a dimerization mechanism involving a single protein: HPF. The N-terminal domain of HPF binds at the same site as HPF in Escherichia coli 100S ribosomes. Contrary to ribosome modulation factor, the C-terminal domain of HPF binds exactly at the dimer interface. Furthermore, ribosomes from Lactococcus lactis do not undergo conformational changes in the 30S head domains upon binding of HPF, and the Shine-Dalgarno sequence and mRNA entrance tunnel remain accessible. Ribosome activity is blocked by HPF due to the inhibition of mRNA recognition by the platform binding center. Phylogenetic analysis of HPF proteins suggests that HPF-mediated dimerization is a widespread mechanism of ribosome hibernation in bacteria.When bacteria enter the stationary growth phase, protein translation is suppressed via the dimerization of 70S ribosomes into inactive complexes. Here the authors provide a structural basis for how the dual domain hibernation promotion factor promotes ribosome dimerization and hibernation in bacteria.
リンクNat Commun / PubMed:28959045 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度5.6 Å
構造データ

3581

5myj

EMDB-3581, PDB-5myj:
Structure of 70S ribosome from Lactococcus lactis
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.6 Å

由来
  • Lactococcus lactis (乳酸菌)
  • lactococcus lactis subsp. cremoris mg1363 (乳酸菌)
  • lactococcus lactis subsp. cremoris (strain mg1363) (乳酸菌)
キーワードRIBOSOME / 70S / lactoccocus lactis / Cryo-EM

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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