[日本語] English
文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルStructural basis of myelin-associated glycoprotein adhesion and signalling.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 7, Page 13584, Year 2016
掲載日2016年12月6日
著者Matti F Pronker / Suzanne Lemstra / Joost Snijder / Albert J R Heck / Dominique M E Thies-Weesie / R Jeroen Pasterkamp / Bert J C Janssen /
PubMed 要旨Myelin-associated glycoprotein (MAG) is a myelin-expressed cell-adhesion and bi-directional signalling molecule. MAG maintains the myelin-axon spacing by interacting with specific neuronal ...Myelin-associated glycoprotein (MAG) is a myelin-expressed cell-adhesion and bi-directional signalling molecule. MAG maintains the myelin-axon spacing by interacting with specific neuronal glycolipids (gangliosides), inhibits axon regeneration and controls myelin formation. The mechanisms underlying MAG adhesion and signalling are unresolved. We present crystal structures of the MAG full ectodomain, which reveal an extended conformation of five Ig domains and a homodimeric arrangement involving membrane-proximal domains Ig4 and Ig5. MAG-oligosaccharide complex structures and biophysical assays show how MAG engages axonal gangliosides at domain Ig1. Two post-translational modifications were identified-N-linked glycosylation at the dimerization interface and tryptophan C-mannosylation proximal to the ganglioside binding site-that appear to have regulatory functions. Structure-guided mutations and neurite outgrowth assays demonstrate MAG dimerization and carbohydrate recognition are essential for its regeneration-inhibiting properties. The combination of trans ganglioside binding and cis homodimerization explains how MAG maintains the myelin-axon spacing and provides a mechanism for MAG-mediated bi-directional signalling.
リンクNat Commun / PubMed:27922006 / PubMed Central
手法SAS (X-ray synchrotron) / X線回折
解像度2.12 - 4.3 Å
構造データ

SASDB26:
Glycosylated myelin-associated glycoprotein full extracellular domain (Ig1-5) I473E mutant
手法: SAXS/SANS

SASDB36:
Glycosylated myelin-associated glycoprotein full extracellular domain (Ig1-5) N406Q mutant
手法: SAXS/SANS

SASDB46:
Glycosylated Myelin-associated glycoprotein immunoglobulin domains 1-3
手法: SAXS/SANS

SASDB55:
Glycosylated myelin-associated glycoprotein full extracellular domain (immunoglobulin domains 1-5)
手法: SAXS/SANS

SASDB56:
Deglycosylated myelin-associated glycoprotein full extracellular domain (Ig 1-5) I473E mutant
手法: SAXS/SANS

SASDB66:
Deglycosylated myelin-associated glycoprotein full extracellular domain (Ig 1-5) N406Q mutant
手法: SAXS/SANS

SASDB76:
Deglycosylated myelin-associated glycoprotein (immunoglobulin domains 1-3)
手法: SAXS/SANS

SASDBF6:
Deglycosylated myelin-associated glycoprotein full extracellular domain (immunoglobulin domains 1-5)
手法: SAXS/SANS

PDB-5lf5:
Myelin-associated glycoprotein (MAG) deglycosylated full extracellular domain with co-purified ligand
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.8 Å

PDB-5lfr:
Crystal structure of glycosylated Myelin-associated glycoprotein (MAG) Ig1-3
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.12 Å

PDB-5lfu:
Myelin-associated glycoprotein (MAG) glycosylated and lysine-methylated full extracellular domain
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 4.3 Å

PDB-5lfv:
Crystal structure of glycosylated Myelin-associated glycoprotein (MAG) Ig1-3 with soaked trisaccharide ligand
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

化合物

ChemComp-MAN:
alpha-D-mannopyranose / α-D-マンノピラノ-ス

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードCELL ADHESION / Myelin / Signaling / cell adhesion molecule

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る