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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7833 | |||||||||
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タイトル | FLNaABD-WT bound to phalloidin-stabilized F-actin | |||||||||
マップデータ | Map of FLNaABD-wt bound to phalloidin-stabilized F-actin. Particles were selected for occupancy and the final map was not symmetrized. Low-pass filtered to 10A with a B-factor of -400. | |||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Gallus gallus (ニワトリ) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Iwamoto DV / Huehn AR / Simon B / Huet-Calderwood C / Baldassarre M / Sindelar CV / Calderwood DA | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018 タイトル: Structural basis of the filamin A actin-binding domain interaction with F-actin. 著者: Daniel V Iwamoto / Andrew Huehn / Bertrand Simon / Clotilde Huet-Calderwood / Massimiliano Baldassarre / Charles V Sindelar / David A Calderwood / 要旨: Actin-cross-linking proteins assemble actin filaments into higher-order structures essential for orchestrating cell shape, adhesion, and motility. Missense mutations in the tandem calponin homology ...Actin-cross-linking proteins assemble actin filaments into higher-order structures essential for orchestrating cell shape, adhesion, and motility. Missense mutations in the tandem calponin homology domains of their actin-binding domains (ABDs) underlie numerous genetic diseases, but a molecular understanding of these pathologies is hampered by the lack of high-resolution structures of any actin-cross-linking protein bound to F-actin. Here, taking advantage of a high-affinity, disease-associated mutant of the human filamin A (FLNa) ABD, we combine cryo-electron microscopy and functional studies to reveal at near-atomic resolution how the first calponin homology domain (CH1) and residues immediately N-terminal to it engage actin. We further show that reorientation of CH2 relative to CH1 is required to avoid clashes with actin and to expose F-actin-binding residues on CH1. Our data explain localization of disease-associated loss-of-function mutations to FLNaCH1 and gain-of-function mutations to the regulatory FLNaCH2. Sequence conservation argues that this provides a general model for ABD-F-actin binding. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7833.map.gz | 20.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7833-v30.xml emd-7833.xml | 14.9 KB 14.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_7833_fsc.xml | 14 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_7833.png | 28.2 KB | ||
マスクデータ | emd_7833_msk_1.map | 226.3 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_7833_half_map_1.map.gz emd_7833_half_map_2.map.gz | 179 MB 179.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7833 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7833 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7833.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 226.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Map of FLNaABD-wt bound to phalloidin-stabilized F-actin. Particles were selected for occupancy and the final map was not symmetrized. Low-pass filtered to 10A with a B-factor of -400. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.247 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_7833_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Independently refined half map(1)
ファイル | emd_7833_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Independently refined half map(1) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Independently refined half map(2)
ファイル | emd_7833_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Independently refined half map(2) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Helical complex of FLNaABD-WT bound to phalloidin-stabilized F-actin
全体 | 名称: Helical complex of FLNaABD-WT bound to phalloidin-stabilized F-actin |
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要素 |
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-超分子 #1: Helical complex of FLNaABD-WT bound to phalloidin-stabilized F-actin
超分子 | 名称: Helical complex of FLNaABD-WT bound to phalloidin-stabilized F-actin タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Filamin A Actin-Binding Domain
分子 | 名称: Filamin A Actin-Binding Domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: PATEKDLAED APWKKIQQNT FTRWCNEHLK CVSKRIANLQ TDLSDGLRLI ALLEVLSQKK MHRKHNQRPT FRQMQLENVS VALEFLDRE SIKLVSIDSK AIVDGNLKLI LGLIWTLILH YS |
-分子 #2: Actin
分子 | 名称: Actin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: Breast |
配列 | 文字列: TTALVCDNGS GLVKAGFAGD DAPRAVFPSI VGRPRHQGVM VGMGQKDSYV GDEAQSKRGI LTLKYPIEHG IITNWDDMEK IWHHTFYNE LRVAPEEHPT LLTEAPLNPK ANREKMTQIM FETFNVPAMY VAIQAVLSLY ASGRTTGIVL DSGDGVTHNV P IYEGYALP ...文字列: TTALVCDNGS GLVKAGFAGD DAPRAVFPSI VGRPRHQGVM VGMGQKDSYV GDEAQSKRGI LTLKYPIEHG IITNWDDMEK IWHHTFYNE LRVAPEEHPT LLTEAPLNPK ANREKMTQIM FETFNVPAMY VAIQAVLSLY ASGRTTGIVL DSGDGVTHNV P IYEGYALP HAIMRLDLAG RDLTDYLMKI LTERGYSFVT TAEREIVRDI KEKLCYVALD FENEMATAAS SSSLEKSYEL PD GQVITIG NERFRCPETL FQPSFIGMES AGIHETTYNS IMKCDIDIRK DLYANNVMSG GTTMYPGIAD RMQKEITALA PST MKIKII APPERKYSVW IGGSILASLS TFQQMWITKQ EYDEAGPSIV HRKC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 47.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |