+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7832 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | FLNaABD-Q170P bound to phalloidin-stabilized F-actin | |||||||||
![]() | Symmetrized map of FLNaABD-Q170P bound to phalloidin-stabilized F-actin. This map has been low-pass filtered to 6.6 A and sharpened with a B-factor of -250. | |||||||||
![]() |
| |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.6 Å | |||||||||
![]() | Iwamoto DV / Huehn AR / Simon B / Huet-Calderwood C / Baldassarre M / Sindelar CV / Calderwood DA | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis of the filamin A actin-binding domain interaction with F-actin. 著者: Daniel V Iwamoto / Andrew Huehn / Bertrand Simon / Clotilde Huet-Calderwood / Massimiliano Baldassarre / Charles V Sindelar / David A Calderwood / ![]() ![]() 要旨: Actin-cross-linking proteins assemble actin filaments into higher-order structures essential for orchestrating cell shape, adhesion, and motility. Missense mutations in the tandem calponin homology ...Actin-cross-linking proteins assemble actin filaments into higher-order structures essential for orchestrating cell shape, adhesion, and motility. Missense mutations in the tandem calponin homology domains of their actin-binding domains (ABDs) underlie numerous genetic diseases, but a molecular understanding of these pathologies is hampered by the lack of high-resolution structures of any actin-cross-linking protein bound to F-actin. Here, taking advantage of a high-affinity, disease-associated mutant of the human filamin A (FLNa) ABD, we combine cryo-electron microscopy and functional studies to reveal at near-atomic resolution how the first calponin homology domain (CH1) and residues immediately N-terminal to it engage actin. We further show that reorientation of CH2 relative to CH1 is required to avoid clashes with actin and to expose F-actin-binding residues on CH1. Our data explain localization of disease-associated loss-of-function mutations to FLNaCH1 and gain-of-function mutations to the regulatory FLNaCH2. Sequence conservation argues that this provides a general model for ABD-F-actin binding. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 20.8 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.6 KB 14.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 13.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 34.1 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 226.3 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 32.6 MB 32.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 79.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 78.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 495 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Symmetrized map of FLNaABD-Q170P bound to phalloidin-stabilized F-actin. This map has been low-pass filtered to 6.6 A and sharpened with a B-factor of -250. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.247 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Independently refined half map(1) that was symmetrized with...
ファイル | emd_7832_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Independently refined half map(1) that was symmetrized with parameters derived from the full map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Independently refined half map(2) that was symmetrized with...
ファイル | emd_7832_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Independently refined half map(2) that was symmetrized with parameters derived from the full map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : Helical complex of FLNaABD-Q170P bound to phalloidin-stabilized F...
全体 | 名称: Helical complex of FLNaABD-Q170P bound to phalloidin-stabilized F-actin |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Helical complex of FLNaABD-Q170P bound to phalloidin-stabilized F...
超分子 | 名称: Helical complex of FLNaABD-Q170P bound to phalloidin-stabilized F-actin タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Filamin A Actin Binding Domain
分子 | 名称: Filamin A Actin Binding Domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: PATEKDLAED APWKKIQQNT FTRWCNEHLK CVSKRIANLQ TDLSDGLRLI ALLEVLSQKK MHRKHNQRPT FRQMQLENVS VALEFLDRES IKLVSIDSKA IVDGNLKLIL GLIWTLILHY S |
-分子 #2: Actin
分子 | 名称: Actin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: TTALVCDNGS GLVKAGFAGD DAPRAVFPSI VGRPRHQGVM VGMGQKDSYV GDEAQSKRGI LTLKYPIEHG IITNWDDMEK IWHHTFYNE LRVAPEEHPT LLTEAPLNPK ANREKMTQIM FETFNVPAMY VAIQAVLSLY ASGRTTGIVL DSGDGVTHNV P IYEGYALP ...文字列: TTALVCDNGS GLVKAGFAGD DAPRAVFPSI VGRPRHQGVM VGMGQKDSYV GDEAQSKRGI LTLKYPIEHG IITNWDDMEK IWHHTFYNE LRVAPEEHPT LLTEAPLNPK ANREKMTQIM FETFNVPAMY VAIQAVLSLY ASGRTTGIVL DSGDGVTHNV P IYEGYALP HAIMRLDLAG RDLTDYLMKI LTERGYSFVT TAEREIVRDI KEKLCYVALD FENEMATAAS SSSLEKSYEL PD GQVITIG NERFRCPETL FQPSFIGMES AGIHETTYNS IMKCDIDIRK DLYANNVMSG GTTMYPGIAD RMQKEITALA PST MKIKII APPERKYSVW IGGSILASLS TFQQMWITKQ EYDEAGPSIV HRKC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |