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- EMDB-72719: Cryo-EM structure of the apical region of subpellicular microtubu... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-72719
タイトルCryo-EM structure of the apical region of subpellicular microtubule (SPMT) from Toxoplasma gondii (8-nm repeat)
マップデータ
試料
  • 複合体: conoid fiber from Toxoplasma gondii (24-nm repeat)
    • タンパク質・ペプチド: x 8種
  • リガンド: x 3種
キーワードTubulin / Microtubule / Microtubule Inner Protein / Microtubule-associated Protein / Toxoplasma gondii / conoid / conoid fiber / subpellicular microtubule / SPMT / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / negative regulation of Wnt signaling pathway / microtubule-based process / negative regulation of protein ubiquitination / structural constituent of cytoskeleton / microtubule binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cytoskeleton / microtubule / hydrolase activity ...thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / negative regulation of Wnt signaling pathway / microtubule-based process / negative regulation of protein ubiquitination / structural constituent of cytoskeleton / microtubule binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cytoskeleton / microtubule / hydrolase activity / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Stabilizer of axonemal microtubules 1/2 / Thioredoxin-like / Thioredoxin-like fold / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain ...Stabilizer of axonemal microtubules 1/2 / Thioredoxin-like / Thioredoxin-like fold / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / PDI family protein / Microtubule associated protein SPM1 / Uncharacterized protein / Tubulin beta chain / Tubulin alpha chain / PDI family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zeng J / Zhang R
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI179885 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2026
タイトル: Atomic models of the Toxoplasma cell invasion machinery.
著者: Jianwei Zeng / Yong Fu / Pengge Qian / Wei Huang / Qingwei Niu / Wandy L Beatty / Alan Brown / L David Sibley / Rui Zhang /
要旨: Apicomplexan parasites, responsible for toxoplasmosis, cryptosporidiosis and malaria, invade host cells through a unique gliding motility mechanism powered by actomyosin motors and a dynamic ...Apicomplexan parasites, responsible for toxoplasmosis, cryptosporidiosis and malaria, invade host cells through a unique gliding motility mechanism powered by actomyosin motors and a dynamic organelle called the conoid. Here, using cryo-electron microscopy, we determined structures of four essential complexes of the Toxoplasma gondii conoid: the preconoidal P2 ring, tubulin-based conoid fibers, and the subpellicular and intraconoidal microtubules. Our analysis identified 40 distinct conoid proteins, several of which are essential for parasite lytic growth, as revealed through genetic disruption studies. Comparative analysis of the tubulin-containing complexes sheds light on their functional specialization by microtubule-associated proteins, while the structure of the preconoidal ring pinpoints the site of actin polymerization and initial translocation, enhancing our mechanistic understanding of gliding motility and, therefore, parasite invasion.
履歴
登録2025年9月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月3日-
マップ公開2025年12月3日-
更新2026年2月4日-
現状2026年2月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_72719.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_72719.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.34 Å/pix.
x 400 pix.
= 536. Å		1.34 Å/pix.
x 400 pix.
= 536. Å		1.34 Å/pix.
x 400 pix.
= 536. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.34 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大0.0 - 2.1866078
平均 (標準偏差)0.009882546 (±0.06683993)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 536.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_72719_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_72719_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_72719_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : conoid fiber from Toxoplasma gondii (24-nm repeat)

全体名称: conoid fiber from Toxoplasma gondii (24-nm repeat)
要素
  • 複合体: conoid fiber from Toxoplasma gondii (24-nm repeat)
    • タンパク質・ペプチド: Microtubule associated protein SPM1
    • タンパク質・ペプチド: TLAP3 (apical cap protein AC5), TGME49_235380
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
    • タンパク質・ペプチド: TLAP4 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_201760
    • タンパク質・ペプチド: TLAP2 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_232130
    • タンパク質・ペプチド: TRXL1, TGME49_232410
    • タンパク質・ペプチド: TRXL2, TGME49_225790
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: conoid fiber from Toxoplasma gondii (24-nm repeat)

超分子名称: conoid fiber from Toxoplasma gondii (24-nm repeat) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

+
分子 #1: Microtubule associated protein SPM1

分子名称: Microtubule associated protein SPM1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 22 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 38.84575 KDa
配列文字列: MSGGNSNTPK KLPSEEGSDY GYPQKPQKYL PKSEQAEPDY SACCKGNDAY KGASHGTVQF SHPEEAQKYA GAAAGAETIQ RGRERVAAD RQPRAAGDVP ARRLHLSDVD EAHRGQSPSR HPGYCVEELC TCGMHKCIPS RAPVPFTGST QYRQEFVPKP L PPPTQVSQ ...文字列:
MSGGNSNTPK KLPSEEGSDY GYPQKPQKYL PKSEQAEPDY SACCKGNDAY KGASHGTVQF SHPEEAQKYA GAAAGAETIQ RGRERVAAD RQPRAAGDVP ARRLHLSDVD EAHRGQSPSR HPGYCVEELC TCGMHKCIPS RAPVPFTGST QYRQEFVPKP L PPPTQVSQ VTLPPSLPFE AESSYRTEFV AKPLPPPAKF SEVKLPPTLP FHGESAYRTD YVPKPLPEVA KPVEVKLPPT LP FNAQSCY RSEYVAKPLP PPVQTVEVKL PPSLPFEGST HYRDEFQVKP LPPATKVTEV KLPPSLPFDA TSMYRSDYVA KSN PICPVS KLPQYPAATY PQNHVFWDPD TKQWY

UniProtKB: Microtubule associated protein SPM1

+
分子 #2: TLAP3 (apical cap protein AC5), TGME49_235380

分子名称: TLAP3 (apical cap protein AC5), TGME49_235380 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 65.286098 KDa
配列文字列: MPRPGVFELN YGEESRHSPV PKDPSTVTYG DASVGVVHHP LPAAGMYRQP CAFPHGSGFS KQSNETAFPD YPSTEHVAQR YVPPMDDKR QWAGHTSYYA PATMEQRGYQ DARYFGAELM PKSQGGENPQ NHPIMPSEAA EYGPRKPDCG RLIAAPHEGQ V NNLSQVDG ...文字列:
MPRPGVFELN YGEESRHSPV PKDPSTVTYG DASVGVVHHP LPAAGMYRQP CAFPHGSGFS KQSNETAFPD YPSTEHVAQR YVPPMDDKR QWAGHTSYYA PATMEQRGYQ DARYFGAELM PKSQGGENPQ NHPIMPSEAA EYGPRKPDCG RLIAAPHEGQ V NNLSQVDG RICGTLPVID NQSFQVEPCF RAPTIATGIP RLQTMKGRDA FAQDATRQRA LQGHRTADLL KTPFDYDLFH RT RLPPSAG ASIQAAGKEI DWSEKKLFRK AVVSTVFASD QVAERLRQDL PSPNTRDGQR TNADHGNRRN WSENIESLLR QAT PVESSA ENDPIFTAKV EERSFDSSLL YHGCRHLKKR SAFGHTPDAV AQLLRSSAEA GKGERPLVPS RPSRPSQHDS TQLK RVLSY HPDPEADSKG CFEQRARLRR SQLVTAKNSC RWGVNVFGYD LSPPRRNRLY ALRDHLDSKL VPNQSTDDAT HIKPR HTNV LSTSLHMSKL VPVTDLSPRP SFRYHADTGS LDATLLPVDA VPQERIGRRL ISPPESSLQS NFVPSHEEVG RHKRFL VNS RDSLQGNMIP IVKECTRRRK

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #3: Tubulin alpha chain

分子名称: Tubulin alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 26 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 50.166645 KDa
配列文字列: MREVISIHVG QAGIQIGNAC WELFCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDAFN TFFSETGAGK HVPRCVFLDL EPTVVDEVRT GTYRHLFHP EQLISGKEDA ANNFARGHYT IGKEIVDLSL DRIRKLADNC TGLQGFLMFN AVGGGTGSGL GCLLLERLSV D YGKKSKLN ...文字列:
MREVISIHVG QAGIQIGNAC WELFCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDAFN TFFSETGAGK HVPRCVFLDL EPTVVDEVRT GTYRHLFHP EQLISGKEDA ANNFARGHYT IGKEIVDLSL DRIRKLADNC TGLQGFLMFN AVGGGTGSGL GCLLLERLSV D YGKKSKLN FCSWPSPQVS TAVVEPYNSV LSTHSLLEHT DVAVMLDNEA IYDICRRNLD IERPTYTNLN RLIAQVISSL TA SLRFDGA LNVDVTEFQT NLVPYPRIHF MLSSYAPIIS AEKAYHEQLS VAEITNSAFE PASMMAKCDP RHGKYMACCL MYR GDVVPK DVNAAVATIK TKRTIQFVDW CPTGFKCGIN YQPPTVVPGG DLAKVMRAVC MISNSTAIAE VFSRMDHKFD LMYA KRAFV HWYVGEGMEE GEFSEAREDL AALEKDYEEV GIETAEGEGE EEGYGDEY

UniProtKB: Tubulin alpha chain

+
分子 #4: Tubulin beta chain

分子名称: Tubulin beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 26 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 50.119121 KDa
配列文字列: MREIVHVQGG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGTYCGDS DLQLERINVF YNEATGGRFV PRAILMDLEP GTMDSVRAGP FGQLFRPDN FVFGQTGAGN NWAKGHYTEG AELIDSVLDV VRKEAEGCDC LQGFQITHSL GGGTGSGMGT LLISKVREEY P DRIMETFS ...文字列:
MREIVHVQGG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGTYCGDS DLQLERINVF YNEATGGRFV PRAILMDLEP GTMDSVRAGP FGQLFRPDN FVFGQTGAGN NWAKGHYTEG AELIDSVLDV VRKEAEGCDC LQGFQITHSL GGGTGSGMGT LLISKVREEY P DRIMETFS VFPSPKVSDT VVEPYNATLS VHQLVENADE VQVIDNEALY DICFRTLKLT TPTYGDLNHL VSAAMSGVTC CL RFPGQLN SDLRKLAVNL IPFPRLHFFL IGFAPLTSRG SQQYRALSVP ELTQQMFDAK NMMCASDPRH GRYLTASAMF RGR MSTKEV DEQMLNVQNK NSSYFVEWIP NNMKSSVCDI PPKGLKMSVT FVGNSTAIQE MFKRVSDQFT AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFTEAESNM NDLVSEYQQY QDATAEEEGE FDEEEGEMGA EEGA

UniProtKB: Tubulin beta chain

+
分子 #5: TLAP4 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_201760

分子名称: TLAP4 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_201760
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 37.36023 KDa
配列文字列: MERSGHLCKM EPWKQKVPQC LSLHGSNSLR GGKRTYNCNV LMDNWRNDRL DAHNDQKLTS WRIPHPLYTE LPQGSKYETH YRQSYDYED WARRPVRLSK YGLLGHDDSG AESWTTETRS EYEPPRLRRD QLKAAGQWPY GEDIYPRHVH GNEEFMCPHP M AIHVSRTH ...文字列:
MERSGHLCKM EPWKQKVPQC LSLHGSNSLR GGKRTYNCNV LMDNWRNDRL DAHNDQKLTS WRIPHPLYTE LPQGSKYETH YRQSYDYED WARRPVRLSK YGLLGHDDSG AESWTTETRS EYEPPRLRRD QLKAAGQWPY GEDIYPRHVH GNEEFMCPHP M AIHVSRTH REDYIRSLTP RPAYERPPAG VPSSSGRLPG VPPYANDPIS HHGGSQEQRH FCRMPCRNPS GSSSVQGTTG VD ARASPAG SPVFAGQVPA QVKQEGGECG QGYAGIAATE DGLVDHGNSQ TDRSAGQHCM LNASGGSERA HAAANTSTCP QRK ESDPQP TVSWAAVPCQ

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #6: TLAP2 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_232130

分子名称: TLAP2 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_232130
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 47.924449 KDa
配列文字列: MDPRGQPVGP ARPGVPPQMM RPQGGPPPGA FPGGPRGPAG APFGAPMGPG GPMGPPRGPG PQMGPPRGPG PQMGPPRGQQ GPPPPGVRG LMPGMTPQGP PGARPGMPPP GTMPMGPDGK LRMQPQTAPG APPAGMPGTG MPPQQVPRGP MGHVGGGTGG M PAPDARQP ...文字列:
MDPRGQPVGP ARPGVPPQMM RPQGGPPPGA FPGGPRGPAG APFGAPMGPG GPMGPPRGPG PQMGPPRGPG PQMGPPRGQQ GPPPPGVRG LMPGMTPQGP PGARPGMPPP GTMPMGPDGK LRMQPQTAPG APPAGMPGTG MPPQQVPRGP MGHVGGGTGG M PAPDARQP VPSKTDSHGL QQKDLAQRSR NLRTLEDDER SDHQFGEEIL NKGLQTFARL VALNDVGDLG AWNGYTWKSR RP PSVFFIN ITHDPEGRLW AVTESNEVGK LTVKGFKAIG HIGQEDVVDI TFDPKDGTLW AINRVGELLH WNGYTWDKKY HAG FHKLRA ATFDRKGNLW VVNTAGEIAM WDEEEQQWDL KKVPGATRLH TLAFDENNKL WVLGSHGELM LLAANRWVVY GWVG CWKFR DISFRWSKTA IEQLRAVRST GTVFGGRSSA LADRLPVPQG A

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #7: TRXL1, TGME49_232410

分子名称: TRXL1, TGME49_232410 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 22 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 24.939332 KDa
配列文字列: MSQPVFASPL NVEKRRLNEE RALMQAQKAG GEGVNIQLPP NYGDMDLILF PEGSLKNSNN TVIPQSHLKG KSVALYFADG ADPKCASLL PFLLNYYRTM NEGGANQKIE IIFVSLDRDR EAFESHRAHM PWLSIDLENP LTEILKRHFR VMKEYEVPTY G YGSRTGVP ...文字列:
MSQPVFASPL NVEKRRLNEE RALMQAQKAG GEGVNIQLPP NYGDMDLILF PEGSLKNSNN TVIPQSHLKG KSVALYFADG ADPKCASLL PFLLNYYRTM NEGGANQKIE IIFVSLDRDR EAFESHRAHM PWLSIDLENP LTEILKRHFR VMKEYEVPTY G YGSRTGVP SVIVIGSDGR EAQFLPICSG LEEGDRALLR WDWRNTKFAS DQFHVRPTLL EQ

UniProtKB: PDI family protein

+
分子 #8: TRXL2, TGME49_225790

分子名称: TRXL2, TGME49_225790 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 21.687934 KDa
配列文字列: MLAADCFFGP DVVKRTQQGN YVPVRPDHFA GVSVALFFAK AGHSKCAQIV PVVRQFYKTT NFSGEKAVIE IIYVSLDKDE QDFERVRAL MPWCSVEYKS CLRKKLIERY RVPNGELAFG TVRIPSTAIP LLIVIGPNGE EAGRMNFQQS DEFVLQRWDY R FNKWPGSA ...文字列:
MLAADCFFGP DVVKRTQQGN YVPVRPDHFA GVSVALFFAK AGHSKCAQIV PVVRQFYKTT NFSGEKAVIE IIYVSLDKDE QDFERVRAL MPWCSVEYKS CLRKKLIERY RVPNGELAFG TVRIPSTAIP LLIVIGPNGE EAGRMNFQQS DEFVLQRWDY R FNKWPGSA QRLRTLNDAT DPWKKRLPQN V

UniProtKB: PDI family protein

+
分子 #9: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 26 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #10: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 26 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #11: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 26 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 25.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 225207
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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