[日本語] English
万見
- EMDB-6942: Saccharomyces Cerevisiae Origin Recognition Complex Bound to a 36... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6942
タイトルSaccharomyces Cerevisiae Origin Recognition Complex Bound to a 36-bp Origin DNA containing ACS and B1 element
マップデータ
試料
  • 複合体: Origin Recognition Complex Bound to a 36-bp Essential Elements of ARS DNA
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Li N / Lam WH / Zhai Y / Cheng J / Cheng E / Zhao Y / Gao N / Tye BK
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Structure of the origin recognition complex bound to DNA replication origin.
著者: Ningning Li / Wai Hei Lam / Yuanliang Zhai / Jiaxuan Cheng / Erchao Cheng / Yongqian Zhao / Ning Gao / Bik-Kwoon Tye /
要旨: The six-subunit origin recognition complex (ORC) binds to DNA to mark the site for the initiation of replication in eukaryotes. Here we report a 3 Å cryo-electron microscopy structure of the ...The six-subunit origin recognition complex (ORC) binds to DNA to mark the site for the initiation of replication in eukaryotes. Here we report a 3 Å cryo-electron microscopy structure of the Saccharomyces cerevisiae ORC bound to a 72-base-pair origin DNA sequence that contains the ARS consensus sequence (ACS) and the B1 element. The ORC encircles DNA through extensive interactions with both phosphate backbone and bases, and bends DNA at the ACS and B1 sites. Specific recognition of thymine residues in the ACS is carried out by a conserved basic amino acid motif of Orc1 in the minor groove, and by a species-specific helical insertion motif of Orc4 in the major groove. Moreover, similar insertions into major and minor grooves are also embedded in the B1 site by basic patch motifs from Orc2 and Orc5, respectively, to contact bases and to bend DNA. This work pinpoints a conserved role of ORC in modulating DNA structure to facilitate origin selection and helicase loading in eukaryotes.
履歴
登録2018年4月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年7月11日-
マップ公開2018年7月11日-
更新2018年7月25日-
現状2018年7月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6942.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6942.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 240 pix.
= 252.48 Å		1.05 Å/pix.
x 240 pix.
= 252.48 Å		1.05 Å/pix.
x 240 pix.
= 252.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.052 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.1459123 - 0.24654093
平均 (標準偏差)0.00068327424 (±0.00735301)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 252.48001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0521.0521.052
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z252.480252.480252.480
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.1460.2470.001

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Origin Recognition Complex Bound to a 36-bp Essential Elements of...

全体名称: Origin Recognition Complex Bound to a 36-bp Essential Elements of ARS DNA
要素
  • 複合体: Origin Recognition Complex Bound to a 36-bp Essential Elements of ARS DNA

-
超分子 #1: Origin Recognition Complex Bound to a 36-bp Essential Elements of...

超分子名称: Origin Recognition Complex Bound to a 36-bp Essential Elements of ARS DNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
詳細: Origin Recognition Complex (Orc1-6, chain A-F) Bound to a 36-bp Essential Elements of ARS DNA (a 36-bp dsDNA chain G-H)
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.6
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 52.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 102000
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る